Des preuves accumulées indiquent que les patients atteints de troubles mentaux graves, y compris la dépression majeure, le trouble bipolaire et la schizophrénie, présentent diverses altérations du microbiote intestinal et une perméabilité intestinale accrue. En outre, une dérégulation de l’axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien (HHS) et une inflammation subclinique ont été signalées dans ce groupe de patients. Bien qu’il ait été constaté que le dérèglement de l’axe HPA apparaît comme une conséquence du stress psychosocial, en particulier des événements traumatisants de la vie, les mécanismes exacts de cette observation restent flous. Des études sur des modèles animaux ont mis en évidence plusieurs mécanismes reliant le microbiote intestinal au dysfonctionnement de l’axe HPA. En effet, le microbiote intestinal peut activer l’axe HPA par l’intermédiaire de plusieurs médiateurs qui traversent la barrière hémato-encéphalique et comprennent des antigènes microbiens, des cytokines et des prostaglandines. Il existe également des preuves que diverses espèces microbiennes peuvent affecter la production iléale de corticostérone, ce qui peut avoir un impact sur l’activité de l’axe HPA. Cependant, certains métabolites libérés par divers microbes, par exemple les acides gras à chaîne courte, peuvent atténuer la réponse de l’axe HPA. En outre, plusieurs bactéries libèrent des neurotransmetteurs qui peuvent interagir directement avec les afférences vagales. Il a été postulé que l’activation de l’axe HPA peut avoir un impact sur le microbiote intestinal et la perméabilité intestinale. Dans cet article, nous discutons de divers mécanismes reliant le microbiote intestinal à l’activité de l’axe HPA et résumons les preuves actuelles d’une interaction entre l’axe intestin-cerveau et l’axe HPA à partir d’études sur des patients souffrant de troubles de l’humeur et de troubles psychotiques. Enfin, nous montrons les implications cliniques potentielles qui peuvent découler de futures études portant sur l’activité de l’axe HPA par rapport au microbiote intestinal dans les troubles mentaux graves.