On the domestic front, President Roosevelt was one ofthe most visible Progressives of his time. Wiele z jego polityk krajowych obejmowało walkę z wielkim przemysłem i korupcją w próbie pomocy zwykłemu człowiekowi. Zaoferował Amerykanom SquareDeal, aby poprawić ich standard życia i sprawować większą kontrolę nad wielkimi dominującymi korporacjami lub trustami. Trusty, które były technicznie nielegalne na mocy ustawy Shermana z 1890 roku, próbowały konsolidować interesy biznesowe, aby stworzyć monopol na określone produkty i wyeliminować konkurencję. Wiele firm atakowało Roosevelta jako socjalistę, ale on żarliwie odpierał te zarzuty i obalał zasady marksizmu. W rzeczywistości Roosevelt nie gardził wielkim biznesem i zdawał sobie sprawę, że trusty pośrednio podniosły standard życia niemal każdego Amerykanina w drugiej połowie XIX wieku. Rooseveltowi nie podobała się jednak władza trustów i fakt, że amerykańskie społeczeństwo miało nad nimi niewielką kontrolę. Z drugiej strony jednak obawiał się również przekazania zbyt dużej władzy pracownikom. Jego Square Deal polityki starał się znaleźć równowagę pomiędzy tymi dwoma.
Roosevelt pierwszy poważny test krajowych jako prezydent camewhen 140.000 górników we wschodniej Pensylwanii poszedł na strajk w1902 Coal Strike. Węgiel był ważnym źródłem energii dla prawie wszystkich Amerykanów w tej epoce, a naród wpadł w panikę podczas strajku. Reprezentowani przez Johna Mitchella górnicy utworzyli Zjednoczony Związek Pracowników Kopalń, aby zażądać wyższych płac i lepszych warunków pracy. Prezes Philadelphia and Reading Railroad Company i właściciel kopalni, George Baer, nie chciał zgodzić się na żądania strajkujących. Mitchell zwrócił się do Roosevelta i poprosił go o powołanie niezależnej rady arbitrażowej. Baer – i, jak na ironię, sami górnicy – odmówili arbitrażu. Roosevelt, pod naciskiem republikanów i obywateli amerykańskich, nie zastanawiając się nawet nad legalnością swoich działań, planował zastąpić strajkujących siłą dziesięciu tysięcy żołnierzy armii i ponownie rozpocząć wydobycie węgla, jeśli nie uda się osiągnąć porozumienia. Na szczęście sekretarzowi wojny Elihu Rootowi udało się zapobiec katastrofie. Współpracując z bankierem J.P. Morganem, Root zdołał przekonać górników do zaakceptowania niezależnego arbitrażu. Roosevelt zdobył aprobatę Amerykanów dla sposobu, w jaki poradził sobie z sytuacją.
Również w 1902 roku prezydent Roosevelt zaszokował finansistów na Wall Street swoją decyzją o zatwierdzeniu rządowego pozwu przeciwko Northern Securities, dużej i niedawno połączonej zachodniej spółce kolejowej, za naruszenie ustawy antymonopolowej Shermana. J.P. Morgan, finansista, który zaaranżował fuzję i miał znaczne sumy pieniędzy zainwestowane w Northern Securities, odebrał decyzję Roosevelta jako osobistą zniewagę. Wielu konserwatywnych republikanów w Kongresie i bankierów z Wall Street zaatakowało prezydenta i prokuratora generalnego Philandera Knoxa za tę decyzję. Z drugiej strony Amerykanie kochali Roosevelta za jego odwagę w obliczu trustów.Aby zapewnić zwycięstwo rządu, Roosevelt nominował również OliveraWendella Holmesa Jr. na miejsce sędziego Horace’a Graya w Sądzie Najwyższym. Jako sędzia naczelny Sądu Najwyższego Massachusetts, Holmes głosował przeciwko przemysłowi i kolejom w podobnych procesach, co czyniło go idealnym wyborem z punktu widzenia Roosevelta. W końcu rząd Stanów Zjednoczonych wygrał sprawę, Northern Securities zostało rozebrane na mniejsze spółki, a prezydent Roosevelt stał się znany jako „pogromca trustów”. Ponieważ ustawa Shermana nigdy do tego czasu nie była naprawdę egzekwowana, rozpad Northern Securities otworzył furtkę dla pozwów przeciwko innym dużym trustom. Słynne wśród nich było „udupienie” przez Roosevelta trustu Standard Oil. Muckraker Ida Tarbell w swojej Historyof Standard Oil, opublikowanej w magazynie McClure, szczegółowo opisała praktyki biznesowe machiny Rockefellera. Tarbell oskarżyła Standard Oil o udzielenie swoim klientom rabatów na łączną kwotę miliona dolarów w celu skutecznego wyeliminowania konkurencji. W 1906 roku Roosevelt zlecił przygotowanie i uchwalenie przez Kongres ustawy Hepburna, która miała zreformować wyceny stawek i zdelegalizować nadmierne rabaty mające na celu udaremnienie konkurencji. Ustawa przewidywała również, że wszystkie firmy zaangażowane w handel międzystanowy będą podlegać nadzorowi rządu federalnego. Ustawa zaszkodziła nie tylko Standard Oil, ale także potężnym liniom kolejowym udzielającym rabatów. W sumie Roosevelt wniósł pozwy przeciwko czterdziestu trzem innym trustom podczas swojej prezydentury.
W 1907 roku kłopoty finansowe uderzyły w Stany Zjednoczone, kiedy to Knickerbocker Trust Company w Nowym Jorku upadła, co doprowadziło do efektu kaskady, który spowodował, że wiele innych banków również się zachwiało.Konserwatywni Republikanie obwiniali Roosevelta za trudności gospodarcze, twierdząc, że jego działania podważyły stabilność i zachwiały zaufaniem konsumentów. Roosevelt odparł, że to plutokracja była przyczyną kłopotów. Choć w tamtym czasie nie dało się tego dostrzec, reszta świata również cierpiała, a panika 1907 roku nie była ani wynikiem polityki Roosevelta, ani praktyk biznesowych plutokratów. Kiedy wielki dom maklerski Moore’a i Schleya prawie upadł, J.P. Morgan po raz kolejny spotkał się z prezydentem. Moore i Schley posiadali akcje Tennessee Coal and Iron Company o wartości pięciu milionów dolarów, których nie byli w stanie zamienić na gotówkę, aby zapłacić inwestorom. Morgan zasugerował, aby finansowo solidna U.S. Steel Company kupiła Tennessee Coal and Iron Company, walidując jej akcje, i w ten sposób ustabilizowała sytuację Moore’a i Schleya. Ten plan zadziałałby pod warunkiem, że Roosevelt zatwierdziłby fuzję i obiecał, że nie uzna jej za naruszenie ustawy Shermana. Roosevelt wyraził zgodę, U.S. Steel kupiła Tennessee Coal and Iron, a w rezultacie rynek akcji nie załamał się. Razem Roosevelt i Morgan z powodzeniem uniknęli powszechnej depresji gospodarczej.
Powieść „Dżungla” z 1906 roku autorstwa Uptona Sinclaira, która w graficzny sposób przedstawiała okropne warunki pracy na chicagowskich placach i w przemyśle mięsnym, zachęciła Roosevelta do kolejnych reform. Prezydent był szczególnie zdegustowany opartą na faktach relacją Sinclaira o maszyniście, który wpadł do maszynki do mięsa i wyszedł z niej jako konserwa, którą można było sprzedać i zjeść. Roosevelt wezwał do natychmiastowego działania i zorganizował śledztwo w zakładach pakujących w Chicago i innych miastach. Szczegóły raportu okazały się nie odbiegać od fikcyjnej relacji Sinclaira.Oburzona opinia publiczna domagała się działań, które szybko doprowadziły do powstania Meat Inspection Bill, a później do utworzenia Food and Drug Administration.
Kolejnym ważnym elementem polityki krajowej Roosevelta była ochrona przyrody, wynikająca z jego wielkiej miłości do natury.Po objechaniu kraju w kilku kampaniach wyborczych, w tym w Kalifornii, na północnym zachodzie Pacyfiku i na południowym zachodzie, prezydent postanowił zachować jak najwięcej ziemi, jak to tylko możliwe.Pomysł Roosevelta na ochronę przyrody był przełomowy – w tamtym czasie idea ochrony ziemi oznaczała nie zachowanie, ale po prostu zapisanie ziemi dla przyszłych pokoleń do wykorzystania później.Z tego powodu większość zachowanej ziemi w tym momencie była lasem, który dostarczał cennego drewna. Podczas swoich rządów Roosevelt zakupił 150 akrów ziemi do zachowania. Roosevelt współpracował również z wieloma wybitnymi konserwatorami przyrody tamtych czasów, takimi jak Gifford Pinchot i John Muir, i wraz z nimi założył wiele rezerwatów przyrody. Zorganizowano Narodową Służbę Leśną i wydzielono dodatkowe Parki Narodowe w całych Stanach Zjednoczonych dla celów rekreacji i ochrony przyrody. Takie ustawy spotkały się z opozycją wielu członków Kongresu i osadników z Zachodu, którzy mieli plany wykorzystania ziemi, która była odłogowana. Osadnicy byli jednak zadowoleni z ustawy o rekultywacji z 1902 roku, która odkładała pieniądze na nawadnianie wcześniej suchych i nienadających się do życia połaci ziemi.