En el frente doméstico, el presidente Roosevelt fue uno de los progresistas más visibles de su tiempo. Muchas de sus políticas nacionales incluían la lucha contra la gran industria y la corrupción en un intento de ayudar al hombre común. Ofreció al pueblo estadounidense un SquareDeal para mejorar su nivel de vida y ejercer un mayor control sobre las grandes corporaciones dominantes o trusts. Los trusts, que eran técnicamente ilegales en virtud de la Ley Sherman de 1890, intentaban consolidar los intereses empresariales para crear un monopolio sobre determinados productos y eliminar la competencia. Muchas empresas atacaron a Roosevelt como socialista, pero él refutó ardientemente estas acusaciones y refutó los principios del marxismo. En realidad, Roosevelt no despreciaba a las grandes empresas y, de hecho, era consciente de que los trusts habían aumentado indirectamente el nivel de vida de casi todos los estadounidenses en la segunda mitad del siglo XIX. Sin embargo, a Roosevelt le disgustaba el poder de los trusts y el hecho de que el público estadounidense tuviera poco control sobre ellos; pero, por otro lado, también temía dar demasiado poder a los trabajadores. Su política de «Square Deal» trató de encontrar un equilibrio entre las dos cosas.
La primera gran prueba doméstica de Roosevelt como presidente se produjo cuando 140.000 mineros del este de Pensilvania se declararon en huelga en 1902. Representados por John Mitchell, los mineros formaron el Sindicato de Trabajadores Mineros Unidos para exigir mayores salarios y mejores condiciones de trabajo. El presidente de la Compañía de Ferrocarriles de Filadelfia y Reading y propietario de la mina, George Baer, no accedió a las demandas de los huelguistas. Mitchell se dirigió a Roosevelt y le pidió que estableciera un consejo de arbitraje independiente. Baer -e irónicamente, los propios mineros- rechazaron el arbitraje. Roosevelt, bajo la presión de los republicanos y de la ciudadanía estadounidense y sin considerar siquiera la legalidad de sus acciones, planeó reemplazar a los huelguistas por la fuerza con diez mil soldados del ejército y comenzar a extraer carbón de nuevo si no se llegaba a un acuerdo. Afortunadamente, el Secretario de Guerra Elihu Root pudo evitar el desastre. En colaboración con el banquero J.P. Morgan, Root logró convencer a los mineros de que aceptaran un arbitraje independiente. Roosevelt se ganó la aprobación del pueblo estadounidense por la forma en que manejó la situación.
También en 1902, el presidente Roosevelt sorprendió a los financieros de Wall Street con su decisión de aprobar la demanda del gobierno contra Northern Securities, una gran compañía ferroviaria del oeste recientemente fusionada, por violar la Ley Antimonopolio de Sherman. J.P. Morgan, el financiero que había organizado la fusión y que tenía importantes cantidades de dinero invertidas en Northern Securities, se tomó la decisión de Roosevelt como un insulto personal. Muchos republicanos conservadores del Congreso y banqueros de Wall Street atacaron al presidente y al fiscal general Philander Knox por la decisión. Para asegurar la victoria del gobierno, Roosevelt también nombró a Oliver Wendell Holmes, Jr. para sustituir al juez Horace Gray en el Tribunal Supremo. Como presidente del Tribunal Supremo de Massachusetts, Holmes había votado en contra de la industria y los ferrocarriles en juicios similares, lo que le convertía en la elección perfecta desde la perspectiva de Roosevelt. Al final, el gobierno de EE.UU. ganó el juicio, Northern Securities fue desmantelada en empresas más pequeñas, y el presidente Roosevelt llegó a ser conocido como el «cazador de fideicomisos».
Como la Ley Sherman nunca había sido realmente aplicada hasta este momento, la ruptura de Northern Securities abrió la puerta a las demandas contra otros fideicomisos importantes. Entre ellas, es famosa la «ruptura» de la Standard Oil por parte de Roosevelt. La historia de la Standard Oil de la periodista Ida Tarbell, publicada en la revista McClure, detallaba las prácticas comerciales de la maquinaria petrolera de Rockefeller. Tarbell acusó a la Standard Oil de hacer descuentos por un total de un millón de dólares a sus clientes para eliminar la competencia. En 1906, Roosevelt hizo redactar el proyecto de ley Hepburn, que fue aprobado por el Congreso, para reformar las evaluaciones de las tarifas y prohibir los descuentos excesivos destinados a frustrar a los competidores. El proyecto de ley también estipulaba que todas las empresas dedicadas al comercio interestatal estaban bajo la supervisión del gobierno federal. El proyecto de ley no sólo perjudicó a la Standard Oil, sino también a los poderosos ferrocarriles emisores de descuentos. En total, Roosevelt demandó a otros cuarenta y tres trusts durante su presidencia.
En 1907, los problemas financieros afectaron a Estados Unidos cuando la Knickerbocker Trust Company de Nueva York quebró, lo que provocó un efecto cascada que hizo que muchos otros bancos se tambalearan también.Los republicanos conservadores culparon a Roosevelt de las dificultades económicas, alegando que sus acciones habían socavado la estabilidad y destrozado la confianza de los consumidores. Roosevelt respondió que era la plutocracia la que causaba los problemas. Aunque era imposible discernirlo en ese momento, el resto del mundo también estaba sufriendo, y el pánico de 1907 no fue el resultado de las políticas de Roosevelt ni de las prácticas comerciales de los plutócratas. Cuando la gran empresa de corretaje de Moore y Schley estuvo a punto de colapsar, J.P. Morgan volvió a reunirse con el Presidente. Moore y Schley tenían cinco millones de dólares en acciones de la Tennessee Coal and Iron Company que no podían convertir en efectivo para pagar a sus inversores. Morgan sugirió que la U.S. Steel Company, financieramente sólida, comprara la Tennessee Coal and Iron Company, validando sus acciones, y así estabilizar a Moore y Schley. Este plan funcionaría siempre que Roosevelt aprobara la fusión y prometiera no declararla una violación de la Ley Sherman. Roosevelt consintió, U.S. Steel compró Tennessee Coal and Iron y, como resultado, el mercado de valores no se hundió. Juntos, Roosevelt y Morgan evitaron con éxito una depresión económica generalizada.
La novela de 1906 de Upton Sinclair, La jungla, que describía gráficamente las horribles condiciones de trabajo de los astilleros de Chicago y de la industria cárnica, incitó a Roosevelt a realizar otras reformas. El Presidente se sintió especialmente disgustado por el relato, aparentemente basado en hechos, de un maquinista que cayó en una picadora de carne y salió como carne enlatada para ser vendida y consumida. Roosevelt pidió que se tomaran medidas inmediatas y organizó una investigación en las empacadoras de Chicago y otras ciudades. Los detalles del informe resultaron no estar muy lejos del relato ficticio de Sinclair.Un clamor público indignado para que se tomaran medidas produjo rápidamente la Ley de Inspección de la Carne y más tarde la creación de la Administración de Alimentos y Medicamentos.
Otro componente importante de la política interior de Roosevelt fue la conservación, derivada de su gran amor por la naturaleza.Tras recorrer el país en varios viajes de campaña, incluyendo estancias en California, el noroeste del Pacífico y el suroeste, el presidente decidió conservar la mayor cantidad de tierra posible.La idea de conservación de Roosevelt fue innovadora: en aquella época, la idea de conservar la tierra no significaba principalmente preservarla, sino simplemente guardarla para que las generaciones futuras la utilizaran más adelante.Por esta razón, la mayor parte de la tierra conservada en aquel momento era bosque que proporcionaba una valiosa madera. Durante sus gobiernos, Roosevelt compró 150 acres de tierra para su conservación. Roosevelt también se asoció con muchos destacados conservacionistas de la época, como Gifford Pinchot y John Muir, y estableció muchas reservas de vida silvestre junto con ellos. Se organizó el Servicio Forestal Nacional y se crearon nuevos parques nacionales en todo el país con fines recreativos y de conservación. Estos actos se enfrentaron a la oposición de muchos miembros del Congreso y de los colonos del Oeste, que tenían planes para utilizar la tierra que se estaba reservando. Sin embargo, los colonos se mostraron satisfechos con la Ley de Recuperación de 1902, que reservaba dinero para irrigar extensiones de tierra previamente secas e inhabitables.