På den indenlandske front var præsident Roosevelt en af de mest synlige progressive i sin tid. Mange af hans indenrigspolitikker gik ud på at bekæmpe storindustrien og korruption i et forsøg på at hjælpe den almindelige mand. Han tilbød det amerikanske folk en SquareDeal for at forbedre deres levestandard og udøve mere kontrol over store dominerende selskaber eller trusts. Trusts, som teknisk set var ulovlige i henhold til Sherman-loven fra 1890, forsøgte at konsolidere forretningsinteresser for at skabe et monopol på bestemte produkter og eliminere konkurrencen. Mange virksomheder angreb Roosevelt som socialist, men han tilbageviste ivrigt disse beskyldninger og tilbageviste marxismens principper. I virkeligheden foragtede Roosevelt ikke storkapitalen, og han var faktisk klar over, at trusts indirekte havde øget levestandarden for næsten alle amerikanere i sidste halvdel af det nittende århundrede. Roosevelt kunne dog ikke lide trusternes magt og det faktum, at den amerikanske offentlighed kun havde ringe kontrol med dem, men på den anden side frygtede han også at give for meget magt til arbejderne. Hans Square Deal-politik forsøgte at finde en balance mellem de to.
Roosevelts første store indenlandske test som præsident kom, da 140.000 minearbejdere i det østlige Pennsylvania gik i strejke i kulstrejken i 1902. Kul var en vigtig energikilde for næsten alle amerikanere i denne periode, og nationen gik i panik under strejken.Minearbejderne, der blev repræsenteret af John Mitchell, dannede United MineWorkers Union for at kræve højere lønninger og bedre arbejdsvilkår. Formanden for Philadelphia and Reading Railroad Company og ejeren af minen, George Baer, ville ikke eftergive de strejkende arbejderes krav. Mitchell henvendte sig til Roosevelt og bad ham om at oprette et uafhængigt voldgiftsråd. Baer – og ironisk nok også minearbejderne selv – afviste voldgift. Roosevelt, der var under pres fra republikanerne og de amerikanske borgere, og som ikke engang overvejede lovligheden af sine handlinger, planlagde at erstatte de strejkende med 10.000 soldater fra hæren og påbegynde kulminedriften igen, hvis der ikke kunne opnås en løsning. Heldigvis var krigsminister Elihu Root i stand til at afværge en katastrofe. I samarbejde med bankmanden J.P. Morgan lykkedes det Root at overbevise minearbejderne om, at de skulle acceptere en uafhængig voldgift. Roosevelt vandt det amerikanske folks godkendelse af den måde, han håndterede situationen på.
Også i 1902 chokerede præsident Roosevelt finansfolk på Wall Street med sin beslutning om at godkende regeringens retssag mod Northern Securities, et stort og nyligt fusioneret vestligt jernbaneselskab, for at have overtrådt Sherman Anti-Trust Act. J.P. Morgan, finansmanden, som havde arrangeret fusionen, og som havde investeret betydelige beløb i Northern Securities, tog Roosevelts beslutning som en personlig fornærmelse. Mange konservative republikanere i Kongressen og bankfolk på Wall Street angreb præsidenten og justitsminister Philander Knox for denne beslutning. Det amerikanske folk elskede derimod Roosevelt for hans dristighed over for trusts.For at sikre regeringens sejr nominerede Roosevelt også Oliver Wendell Holmes, Jr. til at erstatte dommer Horace Gray i Højesteret. Som øverste dommer ved Massachusetts højesteret havde Holmes stemt imod industrien og jernbanerne i lignende retssager, hvilket gjorde ham til det perfekte valg set fra Roosevelts synspunkt. I sidste ende vandt den amerikanske regering sagen, Northern Securities blev opløst i mindre selskaber, og præsident Roosevelt blev kendt som “Trustbuster”.
Da Sherman Act aldrig var blevet virkelig håndhævet før dette tidspunkt, åbnede opløsningen af Northern Securities døren for retssager mod andre store trusts. Berømt blandt disse var Roosevelts “busting” af Standard Oil Trust. I Muckraker Ida Tarbells History of Standard Oil, som blev offentliggjort i McClure Magazine, beskrev hun detaljeret forretningsmetoderne i Rockefellers oliemaskine. Tarbell beskyldte Standard Oil for at udstede rabatter på i alt en million dollars til sine kunder for effektivt at eliminere konkurrencen. I 1906 fik Roosevelt udarbejdet Hepburn Bill, som blev vedtaget i kongressen, for at reformere prisvurderingerne og forbyde overdrevne rabatter, der skulle hindre konkurrenterne i at komme på banen. Lovforslaget fastsatte også, at alle selskaber, der beskæftigede sig med handel mellem stater, skulle være under tilsyn af den føderale regering. Lovforslaget gjorde ikke kun ondt på Standard Oil, men også på de magtfulde jernbaneselskaber, der gav rabatter. I alt anlagde Roosevelt retssager mod 43 andre trusts i løbet af sin præsidentperiode.
I 1907 ramte finansielle problemer USA, da Knickerbocker Trust Company i New York gik konkurs, hvilket førte til en kaskadeeffekt, der fik mange andre banker til at vakle også.Konservative republikanere gav Roosevelt skylden for den økonomiske nød, idet de hævdede, at hans handlinger havde undermineret stabiliteten og ødelagt forbrugernes tillid. Roosevelt svarede, at det var plutokratiet, der var skyld i problemerne. Selv om det var umuligt at se på det tidspunkt, led resten af verden også, og panikken i 1907 var hverken et resultat af Roosevelts politik eller af plutokraternes forretningspraksis. Da det store mæglerfirma Moore and Schley var tæt på at bryde sammen, mødtes J.P. Morgan endnu en gang med præsidenten. Moore and Schley havde aktier for fem millioner dollars i Tennessee Coal and Iron Company, som de ikke kunne omdanne til kontanter for at betale investorerne. Morgan foreslog, at det økonomisk sunde U.S. Steel Company skulle købe Tennessee Coal and Iron Company, validere dets aktier og dermed stabilisere Moore and Schley. Denne plan ville fungere, så længe Roosevelt godkendte fusionen og lovede ikke at erklære den for en overtrædelse af Sherman-loven. Roosevelt gav sit samtykke, U.S. Steel købte Tennessee Coal and Iron, og som følge heraf brød aktiemarkedet ikke sammen. Sammen undgik Roosevelt og Morgan med succes en omfattende økonomisk depression.
Upton Sinclairs roman The Jungle fra 1906, som på grafisk vis beskrev de forfærdelige arbejdsforhold på Chicago-lagrene og i kødpakkeriindustrien, ansporede Roosevelt til at gennemføre andre reformer. Præsidenten blev især væmmes af Sinclairs tilsyneladende faktabaserede beretning om en maskinarbejder, der faldt ned i en kødhakker og kom ud som kødkonserves, der kunne sælges og spises. Roosevelt opfordrede til øjeblikkelig handling og organiserede en undersøgelse af pakkerierne i Chicago og andre byer. Detaljerne i rapporten viste sig ikke at være langt fra Sinclairs opdigtede beretning.Et forarget offentligt råb om handling resulterede hurtigt i loven om kødinspektion og senere i oprettelsen af Food and Drug Administration.
En anden vigtig del af Roosevelts indenrigspolitik var bevarelse af naturen, som skyldtes hans store kærlighed til naturen.Efter at have rejst rundt i landet på flere kampagnerejser, herunder ophold i Californien, det nordvestlige Stillehavsområde og det sydvestlige USA, var præsidenten fast besluttet på at bevare så meget jord som muligt.Roosevelts idé om bevarelse var banebrydende – på det tidspunkt betød idéen om at bevare jorden primært ikke bevarelse, men blot at gemme jorden til fremtidige generationer til senere brug.Af denne grund var det meste af den bevarede jord på det tidspunkt skov, der gav værdifuldt tømmer. I løbet af sine regeringer købte Roosevelt 150 acres jord til bevarelse. Roosevelt samarbejdede også med mange af tidens fremtrædende naturforkæmpere, såsom Gifford Pinchot og John Muir, og etablerede sammen med dem mange naturreservater. National Forest Service blev oprettet, og der blev oprettet flere nationalparker i hele USA med henblik på rekreation og bevarelse. Sådanne love mødte modstand fra mange medlemmer af Kongressen og vestlige bosættere, som havde planer om at bruge det land, der blev taget ud af drift. Bosætterne var dog tilfredse med Reclamation Act fra 1902, som afsatte penge til vanding af tidligere tørre og ubeboelige landområder.