Paire de bases, en biologie moléculaire, deux molécules azotées complémentaires qui sont reliées par des liaisons hydrogène. Les paires de bases se retrouvent dans l’ADN et l’ARN double brin, où les liaisons entre elles relient les deux brins, rendant possible les structures double brin. Les paires de bases sont elles-mêmes formées de bases, qui sont des composés organiques complémentaires riches en azote, appelés purines ou pyrimidines. Selon l’appariement des bases de Watson-Crick, qui constitue la base de la configuration hélicoïdale de l’ADN double brin, l’ADN contient quatre bases : les deux purines adénine (A) et guanine (G) et les deux pyrimidines cytosine (C) et thymine (T). Dans la molécule d’ADN, A ne se lie qu’avec T et C ne se lie qu’avec G. Dans l’ARN, la thymine est remplacée par l’uracile (U). Les modèles d’appariement de bases non-Watson-Crick affichent des modèles de liaison hydrogène alternatifs ; les paires de bases de Hoogsteen, qui sont des analogues de A-T ou C-G, en sont des exemples.
Les paires de bases sont souvent utilisées pour mesurer la taille d’un gène individuel dans une molécule d’ADN. Le nombre total de paires de bases est égal au nombre de nucléotides dans l’un des brins (chaque nucléotide est constitué d’une paire de bases, d’un sucre désoxyribose et d’un groupe phosphate). Dans le cas de génomes extrêmement complexes, le détail des paires de bases peut être compliqué. Le génome humain, par exemple, est composé d’environ trois milliards de paires de bases, avec quelque 20 000 à 25 000 gènes distincts. Pour traiter ces grands nombres, les scientifiques utilisent des mesures telles que la kilobase paire (kb, ou kbp), qui équivaut à 1 000 paires de bases ; la mégabase paire (Mb), qui équivaut à un million de paires de bases ; et la gigabase paire (Gb), qui équivaut à un milliard de paires de bases.