Par de bases, en biología molecular, dos moléculas nitrogenadas complementarias que están conectadas por enlaces de hidrógeno. Los pares de bases se encuentran en el ADN y el ARN de doble cadena, donde los enlaces entre ellos conectan las dos cadenas, haciendo posible las estructuras de doble cadena. Los pares de bases están formados por bases, que son compuestos orgánicos complementarios ricos en nitrógeno conocidos como purinas o pirimidinas. Según el emparejamiento de bases Watson-Crick, que constituye la base de la configuración helicoidal del ADN de doble cadena, el ADN contiene cuatro bases: las dos purinas adenina (A) y guanina (G) y las dos pirimidinas citosina (C) y timina (T). Dentro de la molécula de ADN, la A se une sólo con la T y la C sólo con la G. En el ARN, la timina se sustituye por el uracilo (U). Los modelos de emparejamiento de bases que no son de Watson-Crick muestran patrones alternativos de enlaces de hidrógeno; ejemplos de ello son los pares de bases de Hoogsteen, que son análogos de A-T o C-G.
Los pares de bases se utilizan a menudo para medir el tamaño de un gen individual dentro de una molécula de ADN. El número total de pares de bases es igual al número de nucleótidos en una de las hebras (cada nucleótido consta de un par de bases, un azúcar desoxirribosa y un grupo fosfato). En los genomas extremadamente complejos, el detalle de los pares de bases puede ser complicado. El genoma humano, por ejemplo, está formado por unos tres mil millones de pares de bases, con unos 20.000 a 25.000 genes distintos. Para tratar esas grandes cifras, los científicos utilizan medidas como el kilopar de bases (kb, o kbp), que equivale a 1.000 pares de bases; el par de megabases (Mb), que equivale a un millón de pares de bases; y el par de gigabases (Gb), que equivale a mil millones de pares de bases.