Basepar, i molekylærbiologi, to komplementære nitrogenholdige molekyler, der er forbundet med hydrogenbindinger. Basepar findes i dobbeltstrenget DNA og RNA, hvor bindingerne mellem dem forbinder de to strenge, hvilket gør de dobbeltstrengede strukturer mulige. Baseparrene selv er dannet af baser, som er komplementære nitrogenrige organiske forbindelser, der er kendt som puriner eller pyrimidiner. Ifølge Watson-Crick-baseparringen, som danner grundlaget for den dobbeltstrengede DNA’s spiralformede konfiguration, indeholder DNA fire baser: de to puriner adenin (A) og guanin (G) og de to pyrimidiner cytosin (C) og thymin (T). I DNA-molekylet bindes A kun med T, og C bindes kun med G. I RNA er thymin erstattet af uracil (U). Ikke-Watson-Crick-baseparmodeller viser alternative hydrogenbindingsmønstre; eksempler herpå er Hoogsteen-basepar, som er A-T- eller C-G-analoger.
Basepar anvendes ofte til at måle størrelsen af et enkelt gen i et DNA-molekyle. Det samlede antal basepar er lig med antallet af nukleotider i en af strengene (hver nukleotid består af et basepar, et deoxyribose-sukker og en fosfatgruppe). Med ekstremt komplekse genomer kan det være kompliceret at angive detaljerne for baseparrene. Det menneskelige genom består f.eks. af anslået tre milliarder basepar med ca. 20.000-25.000 forskellige gener. Til at håndtere disse store tal bruger forskerne mål som kilobasepar (kb eller kbp), der svarer til 1.000 basepar, megabasepar (Mb), der svarer til en million basepar, og gigabasepar (Gb), der svarer til en milliard basepar.