Baspar, i molekylärbiologi, två komplementära kvävemolekyler som är sammankopplade med vätebindningar. Baspar finns i dubbelsträngat DNA och RNA, där bindningarna mellan dem förbinder de två strängarna och gör de dubbelsträngade strukturerna möjliga. Baspar i sig bildas av baser, som är kompletterande kväverika organiska föreningar som kallas puriner eller pyrimidiner. Enligt Watson-Crick-basparet, som ligger till grund för den dubbelsträngade DNA:s spiralformade konfiguration, innehåller DNA fyra baser: de två purinerna adenin (A) och guanin (G) och de två pyrimidinerna cytosin (C) och tymin (T). I DNA-molekylen binder A endast till T och C endast till G. I RNA ersätts tymin med uracil (U). Icke-Watson-Crick-basparningsmodeller uppvisar alternativa vätebindningsmönster; exempel är Hoogsteen-baspar, som är A-T- eller C-G-analoger.
Baspar används ofta för att mäta storleken på en enskild gen inom en DNA-molekyl. Det totala antalet baspar är lika med antalet nukleotider i en av strängarna (varje nukleotid består av ett baspar, ett deoxyribosocker och en fosfatgrupp). Med extremt komplexa genomer kan detaljeringen av baspar vara komplicerad. Det mänskliga genomet består till exempel av uppskattningsvis tre miljarder baspar, med cirka 20 000-25 000 olika gener. För att hantera dessa stora siffror använder forskarna mått som kilobaspar (kb eller kbp), som motsvarar 1 000 baspar, megabaspar (Mb), som motsvarar en miljon baspar, och gigabaspar (Gb), som motsvarar en miljard baspar.