Po tym, jak obie strony wycofały się (a niepodległość Chorwacji została uznana), podobna dynamika zaczęła się rozwijać w Bośni i Hercegowinie. Republika ta poszła w ślady Chorwacji i Słowenii, ogłaszając niepodległość w marcu 1992 roku, choć serbscy przywódcy już wtedy ogłosili własną niepodległość od reszty republiki. Konflikt, który wybuchł, najbardziej dotknął ludność cywilną na wschodnich i zachodnich obszarach Bośni, gdzie serbskie bojówki walczyły o zanegowanie niepodległości Bośni, a w przypadku jej braku – o zlikwidowanie bośniackiej ludności tych regionów. Międzynarodową odpowiedzią na tę kampanię było stworzenie „bezpiecznych stref”, w których bośniacka ludność cywilna miała być chroniona przed serbskimi bojówkami. Jednak bojówki i tak obrały sobie za cel bezpieczne obszary. Najbardziej znana jest sytuacja, gdy serbska milicja opanowała bezpieczną strefę w mieście Srebenica, co skłoniło ludność cywilną, w większości bośniacką, do szukania schronienia w pobliskiej bazie ONZ. Tam jednak siły dowodzone przez przywódcę bojówek Ratko Mladicia przekonały siły ONZ, by pozwoliły im oddzielić mężczyzn od kobiet i dzieci. Te ostatnie zostały deportowane do strefy kontrolowanej przez siły bośniackie. Ci pierwsi, w liczbie ponad 7000, zostali zmasakrowani. Późniejsze orzecznictwo, zarówno Międzynarodowego Trybunału Karnego dla Jugosławii, jak i Międzynarodowego Trybunału Sprawiedliwości, uznało tę masakrę za ludobójstwo.
Później odłączyły się pozostałe jugosłowiańskie republiki Macedonii i Czarnogóry, a także dawna autonomiczna prowincja Kosowo. W każdym z tych przypadków dochodziło do przemocy wobec ludności cywilnej definiowanej według kryteriów tożsamościowych, najintensywniej w Kosowie. W 1999 roku wielostronne siły przeprowadziły dziesięciotygodniową kampanię bombardowań przeciwko siłom serbskim, które, jak obawiali się zachodni przywódcy, miały przeprowadzić kolejną kampanię czystek etnicznych w Kosowie w odpowiedzi na niepodległościowe aspiracje Kosowa.
W ramach Programu Studiów nad Ludobójstwem odbyły się liczne seminaria dotyczące wydarzeń na Bałkanach. Jasmina Besirevic-Regan, wykładowca i dziekan Trumbull College w Yale, zasiada w radzie doradców GSP.
.