Leczenie dysforii płciowej koncentruje się na łagodzeniu niepokoju pacjenta związanego z jego tożsamością płciową. Często oznacza to psychoterapię – a w szczególności dialektyczną terapię behawioralną – w trakcie której terapeuta weryfikuje emocje pacjenta i pomaga mu rozwinąć skuteczne umiejętności radzenia sobie z problemami, aby uniknąć samookaleczeń i myśli samobójczych. Jeśli niepokój doprowadził do depresji lub stanów lękowych, można je leczyć za pomocą terapii lub leków. Terapeuci pracują również z pacjentami z dysforią płciową i ich rodzinami, aby pomóc im określić najlepszy sposób kształtowania ekspresji płciowej w celu uzyskania najzdrowszego wyniku.
Niektórzy pacjenci pragną terapii hormonalnej lub operacji zmiany płci; inni nie. Organizacje zajmujące się transpłciowością i endokrynologią zalecają czekanie na rozpoczęcie leczenia hormonalnego do co najmniej 16 roku życia, ale należy rozważyć, co jest najlepsze dla danej osoby. Leczenie hormonalne hamujące dojrzewanie płciowe na okres kilku lat jest czasami stosowane, aby dać pacjentowi czas na podjęcie decyzji o operacji; ponieważ zatrzymuje ono rozwój drugorzędowych cech płciowych – rozwój piersi lub pogłębianie się głosu i wzrost zarostu – zapobiega również dodatkowemu niepokojowi związanemu z tym, że ciało pacjenta działa w sposób, który nie jest zgodny z jego potwierdzoną płcią
.