Najpierw Rudolf dorastał w Wiedniu w otoczeniu coraz liczniejszej hordy rodzeństwa. Następnie w 1563 roku, w wieku jedenastu lat, został wysłany do swojego wuja, króla Filipa II, na dwór hiszpański. W tamtych czasach Hiszpania była światowym mocarstwem, a dwór hiszpański nadawał ton w sprawach stylu życia i kultury. Ukrytym motywem było jednak odsunięcie młodego arcyksięcia od wpływu jego ojca, który znany był z niezwykle tolerancyjnych poglądów w sprawach religijnych. Rudolf miał się wychowywać w środowisku katolickiej ortodoksji, chronionym przed protestanckimi prądami, które coraz mocniej wkraczały do Europy Środkowej. Młody arcyksiążę miał być w przyszłości najwyższym władcą Świętego Cesarstwa Rzymskiego, a w oczach Hiszpanii, głównej linii dynastii, konieczne było, aby został wychowany i wykształcony zgodnie z koncepcją powszechnej władzy Habsburgów pod sztandarem katolicyzmu, która była misją dynastii od czasów Karola V.
Po takim wychowaniu Rudolf powrócił do Europy Środkowej jako pewny siebie książę dynastii. Jego hiszpańskie wychowanie przyniosło mu kontakt z tradycyjnym śródziemnomorskim katolicyzmem, który nie był dotknięty ideami reformacji. W jego myśleniu na pierwszy plan wysuwał się jednak polityczny element religii, ponieważ katolicyzm rozumiał przede wszystkim jako instrument służący wzmocnieniu władzy monarchy. Jako jednostka nie odznaczał się przesadną pobożnością. W 1572 r. został wybrany przez Estów na następcę ojca na tronie węgierskim, a w 1575 r. uznany królem Czech. W tym samym roku Rudolf został potwierdzony przez elektorów w Ratyzbonie jako następca ojca w Cesarstwie. Zaledwie kilka miesięcy później, w 1576 r., zmarł nagle Maksymilian II. W wieku dwudziestu czterech lat Rudolf był już władcą, który widział swoją rolę jako mediatora między skrajnościami, zarówno w Cesarstwie, jak i w swoich patrymonialnych domenach.
W 1583 r. dwór cesarski został przeniesiony z Wiednia do Pragi, która miała teraz zostać rozbudowana jako wspaniała rezydencja. Młody cesarz uchodził za bardzo wykształconego, utalentowanego i obiecującego, ale też w pełni przesiąkniętego pojęciem godności cesarskiej, co było najwyraźniejszym przejawem jego socjalizacji na dworze hiszpańskim. W pierwszych dziesięcioleciach swego panowania Rudolf umiejętnie realizował systematyczne rozszerzanie swych suwerennych praw.
Wkrótce jednak ujawniły się ciemne strony jego charakteru. Cesarz był niekiedy niekonsekwentny i brakowało mu przekonania do swoich decyzji. Po fazach maniakalnej aktywności następowały okresy całkowitej apatii.