Jan van Helmont był malarzem zajmującym się tematyką historyczną, scenami rodzajowymi i portretami. Namalował wiele portretów wybitnych osobistości swoich czasów, w tym Johannesa Jacobusa Moretusa i jego żony Theresii Mechtildis Schilders (1717, Muzeum Plantin-Moretus), ówczesnych właścicieli drukarni Plantin Moretus w Antwerpii. Regularnie otrzymywał zlecenia od władz miasta Antwerpii na malowanie portretów postaci historycznych, takich jak Aleksander Farnese, książę Parmy, oraz na odnowienie portretów 34 władców w sali państwowej antwerpskiego ratusza.
Niektóre z obrazów portretowych van Helmonta zostały później wyryte przez holenderskiego rytownika Jacoba Houbrakena. Przykładem jest Portret Adriaana van Borssele van der Hooge, który został wyryty przez Houbrakena na podstawie rysunku wykonanego przez Aarta Schoumana na podstawie obrazu Jana van Helmonta. Jan van Helmont wykonywał projekty rycin dla antwerpskiego grawera Gaspara Bouttatsa. Przykładem może być herb w owalu flankowanym przez anioły (ok. 1674 British Museum), który jest ryciną Bouttatsa wykonaną na podstawie rysunku van Helmonta, przedstawiającego tablicę pamiątkową dla szlachetnej damy Isabelle de Berchem.
Jan van Helmont stworzył obrazy historyczne o tematyce religijnej dla kościołów w całej Flandrii, w tym w Aalst, Willebroek i Wambeek.
W kolekcji Muzeum Historii Wojskowości w Wiedniu znajduje się „scena w wartowni” autorstwa Jana van Helmonta. Scena w wartowni zazwyczaj przedstawia scenę, w której oficerowie i żołnierze oddają się uciechom. W scenach wartowniczych często pojawiali się najemnicy i prostytutki dzielący łupy, dręczący jeńców lub oddający się innym nagannym zajęciom. Gatunek ten stał się popularny w połowie XVII wieku, zwłaszcza w Republice Holenderskiej. We Flandrii również było kilku uprawiających ten gatunek, m.in. David Teniers Młodszy, Abraham Teniers, Anton Goubau, Cornelis Mahu, Jan Baptysta Tijssens Młodszy i ojciec Jana van Helmonta – Mattheus. Kompozycja van Helmonta przedstawia żołnierzy przed bramą. Po lewej stronie znajduje się żołnierz trzymający w górze flagę nad armatą, stos broni, zbroja i bęben. Zbroja przedstawiona na obrazie była już przestarzała w momencie jego namalowania, ponieważ metalowe pancerze, napierśniki i hełmy wyszły z użycia w latach dwudziestych XVI wieku. Niewykluczone, że zgodnie z moralizatorską intencją gatunku, zbroja nawiązuje do motywu vanitas, mówiącego o przemijalności władzy i sławy.