Jak każde urządzenie elektroniczne, piloty Nintendo Wii mogą od czasu do czasu przestać reagować i przestać działać. Podczas gdy w niektórych przypadkach może to oznaczać poważną usterkę, która oznacza, że pilot wymaga wymiany, w wielu przypadkach jest to błąd, który można naprawić poprzez zresetowanie pilota. W zależności od charakteru zamrożenia, resetowanie pilota Wii wymaga albo zresynchronizowania pilota Wii, zresetowania samego Wii lub wyjęcia baterii z pilota.
Resynchronizacja pilota
W niektórych przypadkach pilot nie jest już zsynchronizowany z Wii i konieczne będzie zresynchronizowanie połączenia między kontrolerem a systemem w celu przywrócenia funkcjonalności. Otwórz mały zatrzask z przodu Wii i wciśnij czerwony przycisk „Sync”, aby rozpocząć synchronizację. Używając długopisu lub podobnego cienkiego przedmiotu, naciśnij czerwony przycisk synchronizacji znajdujący się z tyłu pilota Wii. Jeśli synchronizacja przebiegła pomyślnie, pilot powinien wznowić normalne działanie.
Wyłączanie Wii
Wyłączając Wii za pomocą menu użytkownika lub przycisku zasilania, wszystkie podłączone piloty również się wyłączą. Jeśli pilot był zsynchronizowany, ale przestał reagować, wyłączenie Wii powinno wymusić wyłączenie również pilota. Jeśli pilot się wyłączy, ponowne włączenie konsoli i naciśnięcie dowolnego przycisku na pilocie powinno zresetować go do normalnego działania.
Wyciąganie baterii
Jeśli wyłączenie konsoli Wii nie spowoduje wyłączenia pilota, jedynym wyjściem jest wyciągnięcie baterii. Po wyjęciu i ponownym włożeniu baterii, pilot powinien zresetować się i uruchomić się normalnie podczas cyklu włączania Wii lub przy użyciu przycisku zasilania pilota. Jeśli pilot nadal nie działa, konieczna będzie jego wymiana lub naprawa.