Honduras jest drugim co do wielkości krajem w Ameryce Środkowej. Od północy graniczy z Gwatemalą, od zachodu z Salwadorem, a od południa z Nikaraguą. Jego granice są wyznaczone przez wody. Morze Karaibskie rozciąga się na całej długości wybrzeża Hondurasu, a Honduras jest ograniczony przez rzeki Rio Montagua i Rio Coco. Na tych wodach znajduje się również wiele wysp, które wchodzą w skład terytorium Hondurasu, zarówno małych, jak i dużych.
Piękne góry są cechą charakterystyczną Hondurasu w głębi lądu. Stanowią one ponad 80% powierzchni kraju. Zachodnie góry zapierają dech w piersiach, a najwyższe szczyty sięgają prawie 9000 stóp. Pasma górskie Hondurasu są rozdzielone długą depresją, która biegnie z północy na południe i tworzy jedyne niziny w głębi kraju.
Północne wybrzeże Hondurasu składa się z dolin rzecznych i niskich równin przybrzeżnych. Wybrzeże w pobliżu granicy z Gwatemalą jest silnie rozwinięte; wschodnie plaże są zdecydowanie bardziej przyjazne dla podróżnych szukających odrobiny odosobnienia podczas rejsu małym statkiem do Hondurasu. Honduras ma bardzo krótkie wybrzeże wzdłuż Pacyfiku, które jest nieco bagniste i usiane lasami namorzynowymi.