W 1829 roku waszyngtońskie społeczeństwo zaczęło huczeć od plotek na temat Peggy Eaton, nowej żony sekretarza wojny Johna Henry’ego Eatona. Plotki mówiły, że związek pary rozpoczął się od pozamałżeńskiego romansu i że pierwszy mąż Peggy popełnił samobójstwo, gdy dowiedział się o ich związku. Lekarze doszli do wniosku, że zmarł na zapalenie płuc, ale plotki trwały.
Rosnący skandal, wkrótce nazwany aferą Petticoat, zaczął dzielić gabinet Jacksona. Żony kilku członków gabinetu Jacksona, przede wszystkim Floride Calhoun, żona wiceprezydenta Johna C. Calhouna, odmówiły przyjęcia Peggy do waszyngtońskiego towarzystwa, i obrzuciły parę wyzwiskami.
Prezydent Jackson postrzegał traktowanie Peggy Eaton jako nieuzasadnione i niesprawiedliwe. On również wyciągnął porównania do traktowania jego własnej zmarłej żony. Nieznani Jacksonowie, Rachel była nadal prawnie żonata ze swoim pierwszym mężem, kiedy poślubiła Andrew Jacksona, ponieważ on rozpoczął proces rozwodowy przeciwko Rachel, ale akcja nie została sfinalizowana. Fakt ten został odkryty przez zwolenników Johna Quincy Adamsa podczas wyborów w 1828 roku. Bezlitośnie zaatakowali Rachel jako cudzołożnicę i bigamistkę. Chociaż Rachel cierpiała na zły stan zdrowia od 1825 roku, Jackson obwiniał jej śmierć w grudniu 1828 roku o stresy związane z kampanią. Jackson uważał, że waszyngtońskie społeczeństwo traktuje Peggy niesprawiedliwie, tak jak traktowało jego zmarłą żonę.
Jackson zaczął naciskać na swoich podwładnych, by zaakceptowali parę. Emily stanęła po stronie grupy, która chciała zlekceważyć Eatonów. Kiedy Jackson skonfrontował się z Emily, ta nieco ustąpiła i włączyła Peggy w funkcje Białego Domu, ale Emily rozszerzyła na nią podstawowe uprzejmości i nic więcej. Sytuacja doszła do głowy, gdy Eatonowie odrzucili zaproszenie Jacksona na obiad w Białym Domu na początku 1830 roku. Kiedy Jackson zapytał dlaczego odrzucili jego zaproszenie, Peggy zacytowała zimne traktowanie Emily.
Emily i Andrew Jackson podróżowali do Hermitage na wakacje latem 1830. Do tego czasu rozdźwięk między prezydentem a Emily urósł tak wielki, że Emily odmówiła pozostania w Hermitage, zamiast tego wybierając pobyt w domu swojej matki. Kiedy Jackson wrócił do Waszyngtonu, Andrew Jackson Donelson towarzyszył mu, ale Emily nie. Jackson poprosił Emily, aby wróciła i wznowiła swoje obowiązki. Jednak ona odmówiła tak długo, jak Jackson nadal nalegał na przyjęcie Peggy Eaton do Białego Domu.
Począwszy od 1834 roku, Sarah Yorke Jackson, synowa prezydenta Jacksona, służyła jako gospodyni Białego Domu. Istnieją sprzeczne relacje na temat nieobecności Emily Donelson w Białym Domu podczas trzech lat, kiedy Sarah Yorke Jackson służyła jako gospodyni. Jedna grupa badaczy uważa, że przyczyną było jej leczenie Peggy Eaton, podczas gdy inni twierdzą, że była to jej pogarszająca się gruźlica.