Zobacz przeciwwskazania. Unikać jednoczesnego stosowania worykonazolu; w razie potrzeby ściśle monitorować, zwłaszcza gdy podawany jest w ciągu 24 godzin po flukonazolu. Ostrożnie z amiodaronem (zwłaszcza z flukonazolem w dużych dawkach), innymi lekami metabolizowanymi przez CYP2C9 i CYP3A4 o wąskim oknie terapeutycznym. Potęguje działanie warfaryny, sulfonylomocznika, doustnego midazolamu, teofiliny, tofacitinibu, tolwaptanu, triazolamu, alfentanilu, amitryptyliny, nortryptyliny, saquinaviru, sirolimusu, karbamazepiny, NLPZ, zydowudyny; w razie potrzeby należy dostosować dawkę. Może zwiększać stężenie fenytoiny, halofantryny, ibrutynibu, metadonu, ryfabutyny, takrolimusu, alkaloidów vinca, cyklosporyny, fentanylu, CCBs, losartanu; monitorować. Jednoczesne stosowanie celekoksybu: zmniejszyć dawkę celekoksybu o połowę. Zwiększone ryzyko miopatii/ rabdomiolizy podczas jednoczesnego stosowania inhibitorów reduktazy HMG-CoA; uważnie monitorować. Unikać jednoczesnego stosowania olaparybu; zmniejszyć jego dawkę, jeśli jest to nieuniknione. Może być nasilane przez leki moczopędne. Może być antagonizowany przez doustną cymetydynę, ryfampinę. Jednoczesne stosowanie prednizonu: monitorować pod kątem niewydolności kory nadnerczy po odstawieniu flukonazolu. Działanie na OUN z witaminą A. Doustne środki antykoncepcyjne: patrz pełna dokumentacja. Unikać innych leków hepatotoksycznych.