Skamieniałości obecnie znanego jako Desmatochelys padillai zostały odkryte w latach 40. XX wieku w Kolumbii. Pierwsze systematyczne badania przeprowadził Donald Thomas Jeremy Smith z Kingston Polytechnic, Surrey, Anglia. W części swojej pracy doktorskiej w 1989 roku zasugerował on, że okaz ten powinien zostać zaklasyfikowany do rodzaju Desmatochelys. Elizabeth L. Nicholls potwierdziła tę klasyfikację w 1992 roku. Ze względu na niekompletne cechy i brak informacji na temat środowiska geologicznego, gatunek ten pozostał nieopisany w muzeum Uniwersytetu Kalifornijskiego w Berkeley. James Parham, który jest jednym z autorytetów taksonomicznych tego gatunku, widział oryginalne skamieniałości w Berkeley, gdy był jeszcze doktorantem w 1996 roku. Wspominał: „Gdybym wiedział, jak stare były okazy z Berkeley w 1996 roku, na pewno włączyłbym je do mojej pracy doktorskiej”. Lepsze okazy zostały odkryte w 2007 roku przez paleontologów hobbystów, Mary Luz Parra i jej braci Juana i Freddy’ego Parra. Okazy zostały wydobyte z Villa de Leyva w Kolumbii. Miejsce to znajduje się w obrębie formacji Paja, która jest już datowana na dolną kredę, czyli ma ponad 120 milionów lat. Skamieniałości zachowały się w zbiorach Centro de Investigaciones Paleontológicas w Villa Leyva oraz University of California Museum of Paleontology. Formalnego opisu dokonali Edwin Cadena z Senckenberg Research Institute oraz James Parham z California State University.
.