Op het binnenlandse front was president Roosevelt een van de meest zichtbare progressieven van zijn tijd. Veel van zijn binnenlands beleid betrof de bestrijding van de grote industrie en corruptie in een poging om de gewone man te helpen. Hij bood het Amerikaanse volk een Square Deal aan om hun levensstandaard te verbeteren en meer controle uit te oefenen over grote, overheersende bedrijven of trusts. Trusts, die technisch illegaal waren onder de Sherman Act van 1890, probeerden zakelijke belangen te consolideren om een monopolie op specifieke producten te creëren en concurrentie uit te schakelen. Veel bedrijven vielen Roosevelt aan als een socialist, maar hij weerlegde deze beschuldigingen vurig en weerlegde de principes van het marxisme. In werkelijkheid verachtte Roosevelt het grootkapitaal niet, en realiseerde hij zich dat de trusts indirect de levensstandaard van bijna iedere Amerikaan in de tweede helft van de negentiende eeuw hadden verhoogd. Roosevelt had echter wel een hekel aan de macht van de trusts en het feit dat het Amerikaanse publiek weinig controle over hen had. Aan de andere kant was hij echter ook bang dat hij de arbeiders te veel macht zou geven. Zijn Square Deal beleid trachtte een evenwicht te vinden tussen de twee. De eerste grote binnenlandse test voor Roosevelt als president kwam toen 140.000 mijnwerkers in Oost-Pennsylvania in staking gingen tijdens de kolenstaking van 1902. Steenkool was een vitale energiebron voor bijna alle Amerikanen in deze periode, en het land raakte in paniek tijdens de staking. Vertegenwoordigd door John Mitchell, vormden de mijnwerkers de United Mine Workers Union om hogere lonen en betere arbeidsomstandigheden te eisen. De president van de Philadelphia and Reading Railroad Company en eigenaar van de mijn, George Baer, wilde niet toegeven aan de eisen van de stakers. Mitchell benaderde Roosevelt en vroeg hem een onafhankelijke arbitragecommissie op te richten. Baer, en ironisch genoeg ook de mijnwerkers zelf, weigerden arbitrage. Roosevelt, onder druk van de Republikeinen en de Amerikaanse burgerij en zonder zelfs maar de wettigheid van zijn acties te overwegen, was van plan de stakers met geweld te vervangen door tienduizend legertroepen en de kolenwinning te hervatten als er geen regeling kon worden bereikt. Gelukkig kon minister van Oorlog Elihu Root een ramp afwenden. In samenwerking met bankier J.P. Morgan wist Root de mijnwerkers ervan te overtuigen onafhankelijke arbitrage te aanvaarden. Roosevelt kreeg de goedkeuring van het Amerikaanse volk voor de manier waarop hij de situatie aanpakte.
Ook in 1902 schokte president Roosevelt financiers op Wall Street met zijn besluit om de rechtszaak van de overheid tegen Northern Securities, een grote en recent gefuseerde westerse spoorwegmaatschappij, wegens overtreding van de Sherman Anti-Trust Act, goed te keuren. J.P.Morgan, de financier die de fusie had geregeld en die aanzienlijke bedragen had geïnvesteerd in Northern Securities, vatte Roosevelts beslissing op als een persoonlijke belediging. Veel conservatieve Republikeinen in het Congres en bankiers op Wall Street vielen de president en procureur-generaal Philander Knox aan voor het besluit. Het Amerikaanse volk daarentegen was dol op Roosevelt vanwege zijn moed tegenover de trusts. Om de overwinning van de regering veilig te stellen, nomineerde Roosevelt ook Oliver Wendell Holmes, Jr., om rechter Horace Gray in het Hooggerechtshof te vervangen. Als opperrechter van het Hooggerechtshof van Massachusetts had Holmes in soortgelijke zaken tegen de industrie en de spoorwegen gestemd, waardoor hij vanuit Roosevelts standpunt de perfecte keuze was. Uiteindelijk won de Amerikaanse regering de rechtszaak, Northern Securities werd ontmanteld in kleinere bedrijven en president Roosevelt werd bekend als de “Trustbuster”. Omdat de Sherman Act tot dan toe nooit echt was gehandhaafd, opende het uiteenvallen van Northern Securities de sluisdeur voor rechtszaken tegen andere grote trusts. Beroemd was Roosevelts “ineenstorting” van de Standard Oil trust. Muckraker Ida Tarbell’s History of Standard Oil, die werd gepubliceerd in McClure magazine, beschreef in detail de zakelijke praktijken van Rockefeller’s oliemachine. Tarbell beschuldigde Standard Oil van het uitdelen van kortingen van in totaal een miljoen dollar aan haar klanten om de concurrentie effectief uit te schakelen. In 1906 liet Roosevelt de Hepburn-wet opstellen en door het Congres goedkeuren om de tariefbeoordelingen te hervormen en buitensporige kortingen die bedoeld waren om concurrenten te dwarsbomen, te verbieden. De wet bepaalde ook dat alle bedrijven die actief waren in de interstatelijke handel onder toezicht van de federale regering stonden. De wet trof niet alleen Standard Oil, maar ook de machtige, kortingen uitdelende spoorwegmaatschappijen. In totaal spande Roosevelt rechtszaken aan tegen drieënveertig andere trusts tijdens zijn presidentschap.
In 1907 werden de Verenigde Staten getroffen door financiële problemen toen de Knickerbocker Trust Company in New York failliet ging, wat leidde tot een cascade-effect waardoor veel andere banken ook wankelden.Conservatieve Republikeinen gaven Roosevelt de schuld van de economische nood, bewerende dat zijn acties de stabiliteit hadden ondermijnd en het vertrouwen van de consument hadden geschaad. Roosevelt schoot terug dat het de plutocratie was die de problemen veroorzaakte. Hoewel het op dat moment onmogelijk was te zien, had de rest van de wereld ook te lijden, en de paniek van 1907 was noch het gevolg van Roosevelts beleid, noch van de handelspraktijken van de plutocraten. Toen de grote makelaardij van Moore en Schley bijna instortte, had J.P. Morgan weer een ontmoeting met de president. Moore en Schley hadden voor vijf miljoen dollar aandelen in de Tennessee Coal and Iron Company die ze niet konden omzetten in geld om hun investeerders te betalen. Morgan stelde voor dat de financieel gezonde U.S. Steel Company de Tennessee Coal and Iron Company zou kopen, haar aandelen zou valideren en zo Moore en Schley zou stabiliseren. Dit plan zou werken zolang Roosevelt de fusie goedkeurde en beloofde niet te verklaren dat het een overtreding van de Sherman Act was. Roosevelt stemde toe, U.S. Steel kocht Tennessee Coal and Iron, en als gevolg daarvan stortte de aandelenmarkt niet in. Samen slaagden Roosevelt en Morgan erin een wijdverbreide economische depressie te voorkomen.
Upton Sinclair’s roman The Jungle uit 1906, waarin de afschuwelijke arbeidsomstandigheden op de Chicagostockyards en in de vleesverwerkende industrie grafisch werden weergegeven, zette Roosevelt aan tot andere hervormingen. De president walgde vooral van Sinclair’s ogenschijnlijk op feiten gebaseerde verslag van een machinist die in een vleesmolen viel en er als ingeblikt vlees weer uitkwam om te worden verkocht en opgegeten. Roosevelt riep op tot onmiddellijke actie en organiseerde een onderzoek in de verpakkingsbedrijven in Chicago en andere steden. De details van het rapport bleken niet ver af te staan van het fictieve verhaal van Sinclair. Een verontwaardigde roep om actie van het publiek leidde al snel tot de Meat Inspection Bill en later tot de oprichting van de Food and Drug Administration.
Een ander belangrijk onderdeel van Roosevelts binnenlands beleid was natuurbehoud, voortkomend uit zijn grote liefde voor het buitenleven.Na een rondreis door het land op verschillende campagnereizen, waaronder bezoeken aan Californië, het noordwesten van de Stille Oceaan en het zuidwesten, was de president vastbesloten om zoveel mogelijk land te behouden. Roosevelts idee van behoud was baanbrekend – in die tijd betekende het idee van behoud van land niet in de eerste plaats behoud, maar slechts het bewaren van het land voor toekomstige generaties om het later te kunnen gebruiken. Om deze reden was het meeste beschermde land op dat moment bos dat waardevol hout opleverde. Tijdens zijn regeringsperiode kocht Roosevelt 150 acres land om te behouden. Roosevelt werkte ook samen met vele prominente natuurbeschermers uit die tijd, zoals Gifford-Pinchot en John Muir, en richtte samen met hen vele natuurreservaten op. De National Forest Service werd opgericht en bijkomende Nationale Parken werden overal in de V.S. aangelegd voor recreatie- en natuurbehoudsdoeleinden. Dergelijke acties stuitten op verzet van vele leden van het Congres en kolonisten uit het Westen die plannen hadden om het land dat werd braakgelegd te gebruiken. Kolonisten waren echter blij met de Reclamation Act van 1902 die geld opzij zette om voorheen droge en onleefbare stukken land te irrigeren.