Base pair, in biologia molecolare, due molecole azotate complementari che sono collegate da legami idrogeno. Le coppie di basi si trovano nel DNA e nell’RNA a doppio filamento, dove i legami tra loro collegano i due filamenti, rendendo possibili le strutture a doppio filamento. Le coppie di basi stesse sono formate da basi, che sono composti organici complementari ricchi di azoto conosciuti come purine o pirimidine. Secondo l’accoppiamento delle basi di Watson-Crick, che è alla base della configurazione elicoidale del DNA a doppio filamento, il DNA contiene quattro basi: le due purine adenina (A) e guanina (G) e le due pirimidine citosina (C) e timina (T). All’interno della molecola di DNA, A si lega solo con T e C si lega solo con G. Nell’RNA, la timina è sostituita dall’uracile (U). I modelli di accoppiamento delle basi non-Watson-Crick mostrano modelli alternativi di legame a idrogeno; esempi sono le coppie di basi Hoogsteen, che sono analoghi A-T o C-G.
Le coppie di basi sono spesso usate per misurare la dimensione di un singolo gene all’interno di una molecola di DNA. Il numero totale di coppie di basi è uguale al numero di nucleotidi in uno dei filamenti (ogni nucleotide consiste in una coppia di basi, uno zucchero desossiriboso e un gruppo fosfato). Con genomi estremamente complessi, il dettaglio delle coppie di basi può essere complicato. Il genoma umano, per esempio, è composto da circa tre miliardi di coppie di basi, con circa 20.000-25.000 geni distinti. Per trattare questi grandi numeri, gli scienziati usano misure come kilobase pair (kb, o kbp), che è equivalente a 1.000 coppie di basi; megabase pair (Mb), che è equivalente a un milione di coppie di basi; e gigabase pair (Gb), che è equivalente a un miliardo di coppie di basi.