Le traitement de la dysphorie de genre se concentre sur l’atténuation de la détresse du patient entourant son identité de genre. Cela signifie souvent une psychothérapie – et une thérapie comportementale dialectique en particulier – dans laquelle un thérapeute valide leurs émotions et les aide à développer des compétences d’adaptation efficaces, pour éviter des choses comme l’automutilation et la suicidalité. Si leur détresse a entraîné une dépression ou une anxiété, celles-ci peuvent être traitées par une thérapie ou des médicaments. Les thérapeutes travaillent également avec les patients atteints de dysphorie de genre, et leurs familles, pour les aider à déterminer la meilleure façon de façonner leur expression de genre pour le résultat le plus sain.
Certains patients désirent une hormonothérapie ou une chirurgie de réassignation sexuelle, d’autres non. Les organisations de transgenres et d’endocrinologie recommandent d’attendre au moins 16 ans pour commencer un traitement hormonal, mais il faut tenir compte de ce qui est le mieux pour l’individu. Le traitement hormonal visant à supprimer la puberté pendant plusieurs années est parfois utilisé pour donner au patient le temps de décider s’il doit subir une intervention chirurgicale ; étant donné qu’il arrête le développement des caractéristiques sexuelles secondaires – développement des seins, ou approfondissement de la voix et croissance de la pilosité faciale – il évite également la détresse supplémentaire que représente le fait que le corps du patient agisse d’une manière qui ne correspond pas à son genre affirmé.