Après que les deux parties se soient retirées (et que l’indépendance de la Croatie ait été reconnue), une dynamique similaire a commencé à se développer en Bosnie-Herzégovine. Cette république a suivi les traces de la Croatie et de la Slovénie en déclarant son indépendance en mars 1992, bien que les dirigeants serbes aient, à ce moment-là, déjà déclaré leur propre indépendance du reste de la république. Le conflit qui s’ensuivit impliqua plus intensément les populations civiles des régions orientales et occidentales de la Bosnie, où les milices serbes se sont battues pour nier l’indépendance de Bonsian – et, à défaut, pour éradiquer la population bosniaque de ces régions. La réponse internationale à cette campagne a été de créer des « zones sûres » dans lesquelles les civils bosniaques devaient être protégés des milices serbes. Cependant, les milices ont quand même pris pour cible les zones de sécurité. Le cas le plus célèbre est celui d’une milice serbe qui a envahi la zone de sécurité de la ville de Srebenica, conduisant la population civile, essentiellement bosniaque, à se réfugier sur la base des Nations Unies située à proximité. Là, cependant, les forces dirigées par le chef de la milice Ratko Mladic ont convaincu les forces de l’ONU de les autoriser à séparer les hommes des femmes et des enfants. Ces derniers ont été déportés vers la zone contrôlée par les forces bosniaques. Les premiers, au nombre de plus de 7 000, ont été massacrés. La jurisprudence ultérieure, tant du Tribunal pénal international pour la Yougoslavie que de la Cour internationale de justice, a déterminé que le massacre constituait un génocide.
Plus tard, les républiques yougoslaves restantes de Macédoine et du Monténégro ont fait sécession, tout comme l’ancienne province autonome du Kosovo. Dans chaque cas, la violence contre les civils définie selon des lignes identitaires existait, plus intensément au Kosovo. En 1999, une force multilatérale a mené une campagne de bombardement de dix semaines contre les forces serbes, dont les dirigeants occidentaux craignaient qu’elles ne s’apprêtent à mener une autre campagne de nettoyage ethnique au Kosovo en réponse aux aspirations à l’indépendance de cette province.
Le programme d’études sur le génocide a proposé de nombreux séminaires relatifs aux événements survenus dans la région des Balkans. Jasmina Besirevic-Regan, conférencière et doyenne du Trumbull College de Yale, siège au conseil consultatif du GSP.
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