La station a ouvert avec les autres stations COASTER lorsque le service ferroviaire a commencé le 27 février 1995, desservant les communautés du sud de Carlsbad en contraste avec la station Carlsbad Village.
Le 7 octobre 2013, l’Amtrak Pacific Surfliner a commencé à s’arrêter à quatre stations COASTER : Carlsbad Village, Carlsbad Poinsettia, Encinitas et Sorrento Valley. Amtrak a abandonné le service à Carlsbad Poinsettia et Encinitas le 9 octobre 2017 en raison d’une faible fréquentation.
Avec une fréquentation croissante et une demande d’expansion, la station a subi une rénovation de trente-quatre millions de dollars à partir de mai 2018. Les quais ont été allongés à 1 000 pieds (300 m) pour accueillir des trains plus longs, et ont également été surélevés pour l’accessibilité et un embarquement plus facile. Un passage souterrain pour piétons a été construit (remplaçant les deux passages piétons à niveau situés à chaque extrémité des quais) et une clôture a été placée entre les voies, permettant à deux trains de traverser la gare en même temps. En outre, les voies et les quais ont été réalignés légèrement à l’ouest de leur ancien emplacement, et une nouvelle signalisation et des auvents ont été installés. Le projet a finalement été achevé en février 2020.