Jan van Helmont était un peintre de sujets d’histoire, de scènes de genre et de portraits. Il a peint de nombreux portraits de personnalités de son époque, notamment Johannes Jacobus Moretus et son épouse Theresia Mechtildis Schilders (1717, musée Plantin-Moretus), alors propriétaires de l’imprimerie Plantin Moretus à Anvers. Il reçoit régulièrement des commandes des autorités de la ville d’Anvers pour peindre des portraits de personnages historiques tels qu’Alexandre Farnèse, duc de Parme, et pour restaurer les portraits des 34 souverains dans la salle d’apparat de l’hôtel de ville d’Anvers.
Certains des portraits peints par van Helmont ont ensuite été gravés par le graveur néerlandais Jacob Houbraken. Un exemple est le Portrait d’Adriaan van Borssele van der Hooge, qui a été gravé par Houbraken d’après un dessin réalisé par Aart Schouman d’après une peinture de Jan van Helmont. Jan van Helmont a réalisé des dessins pour les gravures du graveur anversois Gaspar Bouttats. Un exemple est le Blason dans un ovale flanqué d’anges (vers 1674 British Museum), qui est une gravure de Bouttats d’après un dessin de van Helmont d’une plaque commémorative pour la noble dame Isabelle de Berchem.
Jan van Helmont a créé des peintures d’histoire sur des sujets religieux pour des églises dans toute la Flandre, notamment à Alost, Willebroek et Wambeek.
La collection du musée d’histoire militaire de Vienne détient une « scène de corps de garde » de Jan van Helmont. Une scène de salle de garde représente généralement une scène avec des officiers et des soldats engagés dans des réjouissances. Les scènes de corps de garde incluent souvent des mercenaires et des prostituées se partageant le butin, harcelant les captifs ou se livrant à d’autres formes d’activités répréhensibles. Le genre est devenu populaire au milieu du XVIIe siècle, notamment dans la République néerlandaise. En Flandre, il y avait également quelques praticiens du genre, dont David Teniers le Jeune, Abraham Teniers, Anton Goubau, Cornelis Mahu, Jan Baptist Tijssens le Jeune et Mattheus, le père de Jan van Helmont. La composition de Van Helmont représente des soldats devant une porte. À gauche, un soldat brandit un drapeau au-dessus d’un canon, d’un tas d’armes, d’une armure et d’un tambour. L’armure représentée sur le tableau était déjà obsolète à l’époque où il a été peint, puisque les armures métalliques, les plastrons et les casques sont tombés en désuétude à partir des années 1620. Il est possible que, conformément à l’intention moralisatrice du genre, l’armure soit une référence au motif de la vanitas, qui évoque le caractère éphémère du pouvoir et de la gloire.