Au cours de la dernière décennie, les approches génomiques ont commencé à révolutionner l’étude de la diversité animale. En particulier, les programmes de séquençage du génome se sont étendus au-delà des espèces modèles traditionnelles pour englober une diversité croissante d’animaux de nombreux phyla différents, ainsi que des eucaryotes unicellulaires qui sont étroitement liés aux animaux. Les séquences du génome entier permettent aux chercheurs d’établir, avec une confiance raisonnable, le complément complet de toute famille particulière de gènes dans un génome. La comparaison des compléments de gènes provenant de génomes appropriés peut révéler l’histoire de l’évolution des familles de gènes, en indiquant quand la diversification et la perte de gènes ont eu lieu. Mais plus encore, les génomes assemblés permettent d’analyser et de comparer entre espèces l’environnement génomique dans lequel se trouvent les gènes individuels. Cela peut révéler comment la diversification des gènes s’est produite. Nous nous concentrons ici sur les gènes Fox, en nous appuyant sur plusieurs génomes animaux pour développer un cadre évolutif expliquant le moment et le mécanisme d’origine de la diversité des gènes Fox animaux. Les liens anciens entre les gènes sont une caractéristique importante des gènes Fox, décrivant une histoire de groupes de gènes, dont certains peuvent être pertinents pour comprendre la fonction des gènes Fox.