En 1829, la société de Washington commence à bourdonner de rumeurs entourant Peggy Eaton, la nouvelle épouse du secrétaire à la Guerre John Henry Eaton. Ces rumeurs prétendaient que la relation du couple avait commencé par une liaison extraconjugale et que le premier mari de Peggy s’était suicidé lorsqu’il avait appris leur relation. Les médecins légistes ont conclu qu’il était mort d’une pneumonie, mais les rumeurs ont persisté.
Le scandale grandissant, bientôt surnommé l’affaire Petticoat, a commencé à diviser le Cabinet de Jackson. Les épouses de plusieurs membres du cabinet de Jackson, notamment Floride Calhoun, la femme du vice-président John C. Calhoun, refusèrent de recevoir Peggy dans la société de Washington, et snobèrent le couple.
Le président Jackson considérait le traitement de Peggy Eaton comme injustifié et injuste. Il a également établi des comparaisons avec le traitement de sa propre épouse décédée. À l’insu des Jackson, Rachel était toujours légalement mariée à son premier mari lorsqu’elle a épousé Andrew Jackson, car il avait entamé une procédure de divorce contre Rachel, mais l’action n’a pas été finalisée. Ce fait a été découvert par les partisans de John Quincy Adams lors de l’élection de 1828. Ils attaquèrent impitoyablement Rachel en la qualifiant d’adultère et de bigame. Bien que Rachel ait souffert de problèmes de santé depuis 1825, Jackson attribue sa mort en décembre 1828 au stress de la campagne. Jackson pensait que la société de Washington traitait Peggy de manière injuste, tout comme elle avait traité sa défunte épouse.
Jackson commença à faire pression sur ses subordonnés pour qu’ils acceptent le couple. Emily s’était rangée du côté du groupe qui voulait snober les Eatons. Lorsque Jackson a confronté Emily, elle a cédé quelque peu et a inclus Peggy dans les fonctions de la Maison Blanche, mais Emily lui a accordé les courtoisies de base et rien de plus. La situation atteint son paroxysme lorsque les Eatons déclinent l’invitation de Jackson à un dîner à la Maison-Blanche au début de l’année 1830. Lorsque Jackson demanda pourquoi ils avaient décliné son invitation, Peggy cita le traitement froid d’Emily.
Emily et Andrew Jackson se rendirent à l’Ermitage pour des vacances à l’été 1830. À ce moment-là, le désaccord entre le président et Emily était devenu si grand qu’Emily a refusé de rester à l’Ermitage, choisissant plutôt de rester dans la maison de sa mère. Lorsque Jackson est retourné à Washington, Andrew Jackson Donelson l’a accompagné, mais pas Emily. Jackson demanda à Emily de revenir et de reprendre ses fonctions. Cependant, elle refusa de le faire tant que Jackson continuait à insister sur l’acceptation de Peggy Eaton à la Maison Blanche.
À partir de 1834, Sarah Yorke Jackson, la belle-fille du président Jackson, servit d’hôtesse à la Maison Blanche. Il existe des récits contradictoires sur l’absence d’Emily Donelson à la Maison Blanche pendant les trois années où Sarah Yorke Jackson a servi d’hôtesse. Une cohorte de chercheurs pense que la cause en était son traitement de Peggy Eaton, tandis que d’autres soutiennent que c’était l’aggravation de sa tuberculose.