John Wilkes Booth saute de la loge du président au théâtre Ford après avoir abattu Lincoln et poignardé le major Rathbone.
Le 11 avril 1865, deux jours après la capitulation de Lee à Appomattox, Lincoln prononce un discours exposant ses plans de paix et de reconstruction. Dans l’assistance se trouve John Wilkes Booth, un acteur à succès, né et élevé dans le Maryland. Booth est un fervent partisan de l’esclavage et de la suprématie blanche. En entendant les paroles de Lincoln, il dit à un compagnon : « Maintenant, par Dieu, je vais le faire passer. C’est le dernier discours qu’il fera. »
Après avoir échoué dans deux tentatives d’enlèvement du président plus tôt dans l’année, Booth décide que Lincoln doit être tué. Son complot est grandiose. Booth et ses collaborateurs décident d’assassiner le président, le vice-président Andrew Johnson et le secrétaire d’État William Seward dans la même soirée. Lincoln décide d’assister à une comédie britannique, Our American Cousin, au Ford’s Theater, avec la célèbre actrice Laura Keene. Ulysses S. Grant avait prévu d’accompagner le président et son épouse, mais dans la journée, il décide de voir son fils dans le New Jersey. Assistent à la pièce ce soir-là avec les Lincoln le major Henry Rathbone et sa fiancée, Clara Harris, la fille d’un éminent sénateur.
Ce bordereau annonce les assassinats du président Lincoln et du secrétaire d’État Seward. En fait, Seward a survécu à l’attaque.
Au milieu de la pièce cette nuit-là, Booth s’est glissé dans l’entrée de la loge du président, tenant un poignard dans sa main gauche et un pistolet Derringer dans sa main droite. Il tire avec le pistolet à 15 cm de Lincoln et entaille le bras de Rathbone avec son couteau. Booth saute ensuite par-dessus l’avant de la loge du Président, se prend la jambe droite dans un drapeau et atterrit sur la scène, se cassant la jambe. Il agite son poignard et crie ce qui serait Sic semper tyrannis – latin pour « ainsi soit-il toujours aux tyrans ». Certains rapportent qu’il a dit « Le Sud est vengé ». Il a ensuite couru en boitant hors du théâtre, a sauté sur son cheval et s’est dirigé vers la Virginie.
La balle est entrée dans la tête de Lincoln juste derrière son oreille gauche, a déchiré son cerveau et s’est logée juste derrière son œil droit. La blessure était mortelle. Lincoln a été transporté dans une pension de famille voisine, où il est mort le lendemain matin. Les autres cibles ont échappé à la mort. Lewis Powell, l’un des complices de Booth, se rend au domicile de Seward, poignarde et blesse grièvement le secrétaire d’État, mais Seward survit. Un autre complice, George Atzerodt, ne put se résoudre à tenter d’assassiner le vice-président Johnson.
Deux semaines plus tard, le 26 avril, la cavalerie de l’Union piégea Booth dans une grange à tabac de Virginie. Les soldats avaient l’ordre de ne pas tirer et décidèrent de le brûler hors de la grange. Un feu est allumé. Avant même que Booth ne puisse réagir, le sergent Boston Corbett a visé et tiré sur Booth. L’assassin mourant est traîné jusqu’à un porche où ses derniers mots prononcés sont : « Inutile… inutile ! »
Les conspirateurs de l’assassinat du président sont jugés devant un tribunal militaire connu sous le nom de Commission Hunter.
Un train transporte le corps de Lincoln sur un chemin détourné pour le ramener chez lui et l’enterrer à Springfield, dans l’Illinois. Une nation en deuil s’est déplacée par centaines de milliers pour dire adieu à son président, le premier à tomber sous la balle d’un assassin.
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