Viime vuosikymmenen aikana genomiikan lähestymistavat ovat alkaneet mullistaa eläinten monimuotoisuuden tutkimusta. Erityisesti genomien sekvensointiohjelmat ovat levinneet perinteisiä mallilajeja laajemmalle ja käsittävät yhä useampia eläimiä monista eri heimoista sekä eläimille läheistä sukua olevia yksisoluisia eukaryootteja. Koko genomin sekvenssien avulla tutkijat voivat määrittää kohtuullisen luotettavasti minkä tahansa tietyn geeniperheen täydennyksen genomissa. Vertailemalla sopivista genomeista peräisin olevien geenien täydennyksiä voidaan paljastaa geeniperheiden evoluutiohistoria ja osoittaa, milloin geenien monipuolistuminen ja häviäminen on tapahtunut. Enemmänkin koottujen genomien avulla voidaan kuitenkin analysoida genomista ympäristöä, jossa yksittäiset geenit sijaitsevat, ja verrata niitä eri lajien välillä. Tämä voi paljastaa, miten geenien monipuolistuminen on tapahtunut. Tässä keskitymme Fox-geeneihin ja kehitämme useiden eläinten genomeista evolutiivisen viitekehyksen, joka selittää eläinten Fox-geenien monimuotoisuuden ajoituksen ja syntymekanismin. Geenien väliset muinaiset yhteydet ovat Fox-geenien merkittävä piirre, ja ne kuvaavat geeniryhmien historiaa, joista osa voi olla merkityksellisiä Fox-geenien toiminnan ymmärtämisen kannalta.