Emäspari, molekyylibiologiassa kaksi toisiaan täydentävää typpimolekyyliä, jotka on yhdistetty vetysidoksilla. Emäspareja esiintyy kaksijuosteisessa DNA:ssa ja RNA:ssa, joissa niiden väliset sidokset yhdistävät kaksi juostetta ja mahdollistavat kaksijuosteiset rakenteet. Itse emäsparit muodostuvat emäksistä, jotka ovat toisiaan täydentäviä typpirikkaita orgaanisia yhdisteitä, joita kutsutaan puriineiksi tai pyrimidiineiksi. Kaksisäikeisen DNA:n kierteisen rakenteen perustana olevan Watson-Crick-emäsparin mukaan DNA:ssa on neljä emästä: kaksi puriinia, adeniini (A) ja guaniini (G), sekä kaksi pyrimidiiniä, sytosiini (C) ja tymiini (T). DNA-molekyylin sisällä A sitoutuu vain T:n kanssa ja C sitoutuu vain G:n kanssa. RNA:ssa tymiini on korvattu urasiililla (U). Muissa kuin Watson-Crickin emäspaarmalleissa esiintyy vaihtoehtoisia vetysidoksia; esimerkkeinä ovat Hoogsteenin emäsparit, jotka ovat A-T- tai C-G-analogeja.
Emäspareja käytetään usein mittaamaan yksittäisen geenin kokoa DNA-molekyylin sisällä. Emäsparien kokonaismäärä on yhtä suuri kuin nukleotidien määrä yhdessä säikeessä (kukin nukleotidi koostuu emäsparista, deoksiriboosisokerista ja fosfaattiryhmästä). Erittäin monimutkaisissa genomeissa emäsparien yksityiskohtainen määrittely voi olla monimutkaista. Esimerkiksi ihmisen genomi koostuu arviolta kolmesta miljardista emäsparista, ja siinä on noin 20 000-25 000 erillistä geeniä. Näiden suurten lukujen käsittelyyn tutkijat käyttävät mittoja, kuten kilobase pair (kb tai kbp), joka vastaa 1 000 emäsparia; megabase pair (Mb), joka vastaa miljoonaa emäsparia; ja gigabase pair (Gb), joka vastaa miljardia emäsparia.