Når begge parter trak sig tilbage (og Kroatiens uafhængighed blev anerkendt), begyndte en lignende dynamik at udfolde sig i Bosnien-Hercegovina. Denne republik fulgte Kroatiens og Sloveniens spor og erklærede sig uafhængig i marts 1992, selv om de serbiske ledere på det tidspunkt allerede havde erklæret sin egen uafhængighed fra resten af republikken. Den efterfølgende konflikt involverede mest intenst civilbefolkningerne i de østlige og vestlige områder af Bosnien, hvor serbiske militser kæmpede for at negere den bonsianske uafhængighed – og, hvis det ikke lykkedes, for at udrydde den bosniakiske befolkning i disse regioner. Det internationale svar på denne kampagne var at oprette “sikre områder”, hvor bosniakiske civile skulle beskyttes mod de serbiske militser. Militserne tog imidlertid alligevel de sikre områder som mål. Det mest berygtede var, at en serbisk milits overtog det sikre område i byen Srebenica, hvilket fik den overvejende bosniakiske civilbefolkning til at søge tilflugt på FN’s base i nærheden. Her overbeviste styrker under ledelse af militsens leder Ratko Mladic imidlertid FN-styrkerne om at give dem lov til at adskille mænd fra kvinder og børn. Sidstnævnte blev deporteret til det område, der kontrolleres af bosniakiske styrker. De førstnævnte, der talte over 7.000, blev massakreret. Efterfølgende retspraksis, både fra Den Internationale Straffedomstol for Jugoslavien og Den Internationale Domstol, fastslog, at massakren udgjorde et folkedrab.
Spå et senere tidspunkt udskilte de resterende jugoslaviske republikker Makedonien og Montenegro sig, ligesom den tidligere autonome provins Kosovo. I alle tilfælde var der vold mod civile defineret efter identitetsbaserede linjer, mest intenst i Kosovo. I 1999 gennemførte en multilateral styrke en ti uger lang bombekampagne mod de serbiske styrker, som de vestlige ledere frygtede ville iværksætte endnu en kampagne med etnisk udrensning i Kosovo som svar på Kosovos uafhængighedsbestræbelser.
The Genocide Studies Program har afholdt adskillige seminarer om begivenhederne i Balkanregionen. Jasmina Besirevic-Regan, der er lektor og dekan på Trumbull College i Yale, sidder i GSP’s rådgivende bestyrelse.