Behandlingen af kønsdysfori fokuserer på at afhjælpe patientens lidelse omkring deres kønsidentitet. Det betyder ofte psykoterapi – og især dialektisk adfærdsterapi – hvor en terapeut validerer deres følelser og hjælper dem med at udvikle effektive håndteringsfærdigheder for at undgå ting som selvskade og selvmordstanker. Hvis deres lidelse har ført til depression eller angst, kan disse behandles med terapi eller medicin. Terapeuter arbejder også med kønsdysfori-patienter og deres familier for at hjælpe dem med at bestemme den bedste måde at forme deres kønsudtryk på for at opnå det sundeste resultat.
Nogle patienter ønsker hormonbehandling eller kønsskifteoperation; andre ønsker det ikke. Transkøns- og endokrinologiske organisationer anbefaler, at man venter til mindst 16 år med at påbegynde hormonbehandling, men det skal overvejes, hvad der er bedst for den enkelte person. Hormonbehandling for at undertrykke puberteten i op til flere år bruges nogle gange for at give en patient tid til at beslutte, om han/hun skal opereres; da det stopper udviklingen af sekundære kønskarakteristika – brystudvikling eller uddybning af stemmen og vækst af ansigtsbehåring – forhindrer det også den ekstra belastning ved, at en patients krop opfører sig på en måde, der ikke stemmer overens med det bekræftede køn.