Den vigtigste strøm i det sydlige Stillehav er Humboldtstrømmen (opkaldt efter den tyske naturforsker Alexander von Humboldt, som opdagede og studerede den), også kendt som Perus strøm, og den følger Sydamerikas kyst fra Valdívia (en by i det sydlige Chile) til Cape Branco mod nord. Den holdes i gang af de konstant blæsende vinde fra syd og sydøst, der blæser på de sydamerikanske kyststrækninger, hvilket forårsager en forskel i havvandets niveau. Det vigtigste kendetegn ved denne strøm er den lave temperatur, mellem 15 ºC og 19 ºC, som skyldes opblæsning af koldt vand fra havbunden, det er også en strøm med lavt saltindhold, og dens grønne farve står i kontrast til det blå omgivende vand. Den har stor indflydelse på vejret i det nordlige Chile og det sydlige Peru, da den lave temperatur i strømmen reducerer nedbørsmængden i disse områder, hvilket gør dem tørre. Nogle gange om sommeren afbrydes Humboldtstrømmen i sin nordlige grøft af en strøm, der går mod syd og følger Perus kyst indtil 15º breddegrad syd. Denne strøm kaldes El Niño og får det kolde vand ved kysten til at forsvinde midlertidigt, hvilket skaber kraftige regnskyl i Peru. I nærheden af ækvator bevæger Humboldt-strømmen sig mod vest og blander sig med vandet fra den sydlige ækvatoriale strøm, der går gennem Stillehavet op til Asien. En gren af denne varme strøm går mod syd og passerer nær kysten af det østlige Australien (hvor den bliver til Australienstrømmen) og blander sig i det sydlige Stillehav med den kolde antarktiske strøm.