Medieimperium
I begyndelsen af det nye århundrede fortsatte Murdoch med at udvide News Corp’s besiddelser for at kontrollere mere og mere af de medier, som folk ser hver dag. I 2005 købte han Intermix Media, ejeren af det populære sociale netværkssite MySpace.com. To år senere, i 2007, skabte den mangeårige avismogul selv overskrifter med købet af Dow Jones, ejeren af Wall Street Journal.
Murdoch har fået omfattende kritik for at monopolisere kontrollen over internationale medier samt for sine konservative politiske synspunkter, som ofte afspejles i rapporteringen fra Murdoch-kontrollerede medier som Fox News. Ved det amerikanske midtvejsvalg i 2010 donerede News Corp hver 1 million USD til den republikanske guvernørforening og det amerikanske handelskammer, en gruppe, der støtter republikanske kandidater. Kritikere hævdede, at ejeren af de store nyhedskilder, der dækkede valget, ikke burde bidrage direkte til de involverede politiske kampagner.
Murdochs imperium fik dog et betydeligt slag i 2011. Hans tabloid i London, The News of the World, blev indblandet i en skandale om telefonhacking. Flere redaktører og journalister blev sigtet for ulovlig adgang til telefonsvarere fra nogle af Storbritanniens ledende personligheder. Rupert selv blev indkaldt som vidne samme år, og han lukkede The News of the World. News Corp betalte senere erstatning til nogle af de personer, der var blevet hacket.
Trods denne skandale bevarer News Corp en betydelig andel af stort set alle former for medier i hele verden. Murdoch ejer mange af de bøger og aviser, som folk læser, de tv-programmer og film, som de ser, de radiostationer, som de lytter til, de websteder, som de besøger, og de blogs og sociale netværk, som de opretter. I 2013 annoncerede han en betydelig omstrukturering af sit imperium. Murdoch besluttede at opdele sin virksomhed i to selskaber-21st Century Fox Inc. og News Corp. Dette skridt adskilte hans underholdningsvirksomheder fra hans udgivelsesinteresser. Ifølge Los Angeles Times forklarede Murdoch, at “begge selskaber vil være unikt positioneret til at gennemføre deres respektive strategiske mål og til at føre deres brancher fremad.”
Og selv om han aldrig kunne have forestillet sig den magt, han en dag ville udøve, var denne form for indflydelse præcis, hvad Murdoch søgte som ung forlægger, der opbyggede sit imperium. “Jeg fornemmede spændingen og magten,” husker han. “Ikke rå magt, men evnen til at påvirke i det mindste dagsordenen for det, der foregik.” Og efter seks årtier i mediebranchen har Murdoch sagt, at han ikke kunne forestille sig sit liv på nogen anden måde. “Hvis man er i medierne, især aviser, er man midt i alle de interessante ting, der foregår i et samfund, og jeg kan ikke forestille mig noget andet liv, som man ønsker at dedikere sig til,” sagde han.
Ny ledelse og salg til Disney
I juni 2015 kom nyheden om, at Murdoch ville overdrage ledelsen af 21st Century Fox til sin søn James. Murdoch ville forblive i organisationen som executive co-chairman og dele rollen med sin ældste søn, Lachlan.
I juli 2016 trådte Roger Ailes, formand og administrerende direktør for Fox News og Fox Television Stations Group, tilbage på grund af en retssag om seksuel chikane anlagt af Fox-tv-værten Gretchen Carlson. Murdoch meddelte, at han ville overtage Ailes’ rolle midlertidigt.
Under omstruktureringen af 21st Century Fox indledte selskabet forhandlinger med Walt Disney om salg af sine ejendomme. Mens drøftelserne angiveligt skulle være afsluttet i november 2017, blev de angiveligt genoptaget inden for få uger, idet Fox overvejede tilbud på sine film- og kabelnetværk og internationale divisioner.
I midten af december blev der indgået en aftale, hvor Disney ville købe størstedelen af 21st Century Fox i en transaktion udelukkende på aktier til en værdi af ca. 52,4 mia. dollar. Murdoch, der beholdt kontrollen med Fox News, Fox Broadcast Network og sportskanalen FS1, sagde, at han ville udskille disse aktiver i et nyligt børsnoteret selskab.
I februar 2018 afslørede en forsidehistorie i Wired detaljer om en igangværende fejde mellem Murdoch og Facebooks administrerende direktør Mark Zuckerberg. Fejden gik angiveligt tilbage til mindst 2007 med beskyldninger om, at Murdochs News Corp. havde forsøgt at antænde en skandale, der involverede tilstedeværelsen af seksuelle rovdyr på Facebook. Senere, på et møde i 2016, tog Murdoch Zuckerberg til indtægt for at ændre Facebooks nyhedsfeed-algoritme, hvilket gav den sociale platform magt til at påvirke trafikken på andre websteder dramatisk. News Corp. truede angiveligt med at gøre gengæld via lobbyvirksomhed og ved at lancere en anti-Facebook-kampagne gennem sine mange forretninger.
Mens Murdoch stadig ventede på godkendelse af sin massive aftale med Disney, forsøgte Murdoch at øge 21st Century Fox’ andel i det britiske Sky News. Denne transaktion blev imidlertid blokeret af politikere og tilsynsmyndigheder på grund af bekymringer om 21st Century Fox’ monopol på det britiske nyhedsmarked, på trods af at selskabet insisterede på, at Sky News ville bevare sin redaktionelle uafhængighed.