Den spanske erobring og kolonisering af El Salvador begyndte i 1524 med ankomsten af en ekspedition fra Guatemala under ledelse af Pedro de Alvarado. Alvarados tropper mødte beslutsom modstand fra en Nahua-stamme, Pipil, der besatte store dele af regionen vest for Lempa-floden. En overlegen taktik og bevæbning gjorde det imidlertid muligt for spanierne at trænge videre til Pipils hovedstad Cuscatlán. Alvarado vendte snart tilbage til Guatemala, men en anden ekspedition i 1525 grundlagde en spansk by ved navn San Salvador i nærheden af Cuscatlán. Pipil-krigere tvang dog de spanske bosættere til at trække sig tilbage, og samfundet skulle blive genbosat flere gange, før det blev permanent etableret i 1528.
Derpå skulle byen San Salvador fungere som hovedstad i en provins af samme navn, der omfattede det meste af de østlige tre fjerdedele af det nuværende El Salvadors område. Området mod vest (der omfatter de nuværende regioner Sonsonate, Santa Ana og Ahuachapán), som pipilerne kaldte Izalcos, blev organiseret i 1558 som den autonome provins Sonsonate og ville først blive indlemmet som en del af El Salvador i 1823.
De områder, der skulle danne El Salvador, blev det landbrugsmæssige kerneland for generalkaptajnatet i Guatemala. Selv om de fleste af indbyggerne var tvunget til at være afhængige af subsistenslandbrug, fandt de mere heldige spaniere rigdom i eksporten af en række lokale produkter, som alle oplevede perioder med “boom and bust”. Kakao var den vigtigste kilde til rigdom i det 16. århundrede. Den øgede konkurrence fra andre kolonier førte til et markant fald i indtægterne fra kakao i 1590, og det følgende århundrede var klart en periode med stagnation for regionen. Opsvinget i 1700-tallet kom som følge af den øgede eksport af indigo.
Indigohandlen førte til udviklingen af en ret sofistikeret form for kommercielt landbrug og oprettelsen af store godser, der blev drevet af familier, hvis medlemmer spillede en ledende rolle i provinsens anliggender. For den indfødte befolkning betød indigoopblomstringen imidlertid først og fremmest, at der blev lagt en ekstra byrde på en allerede udmattet arbejdsstyrke.