Jan van Helmont var en maler af historiske emner, genrescener og portrætter. Han malede mange portrætter af fremtrædende personligheder i sin tid, herunder Johannes Jacobus Moretus og hans hustru Theresia Mechtildis Schilders (1717, Plantin-Moretus Museum), de daværende ejere af Plantin Moretus-trykkeriet i Antwerpen. Han modtog jævnligt bestillinger fra byens myndigheder i Antwerpen om at male portrætter af historiske personer som Alexander Farnese, hertug af Parma, og om at restaurere portrætterne af de 34 regenter i statssalen på rådhuset i Antwerpen.
En del af van Helmonts portrætmalerier blev senere graveret af den hollandske gravør Jacob Houbraken. Et eksempel er portrættet af Adriaan van Borssele van der Hooge, som blev graveret af Houbraken efter en tegning udført af Aart Schouman efter et maleri af Jan van Helmont. Jan van Helmont lavede tegninger til graveringer af den anneptvinske graver Gaspar Bouttats. Et eksempel er våbenskjoldet i en oval flankeret af engle (ca. 1674 British Museum), som er et stik af Bouttats efter en tegning af van Helmont af en mindetavle for den adelige dame Isabelle de Berchem.
Jan van Helmont skabte historiemalerier med religiøse emner til kirker i hele Flandern, bl.a. i Aalst, Willebroek og Wambeek.
Samlingen af Museum of Military History, Wien, rummer en ‘vagtværelsesscene’ af Jan van Helmont. En vagtstuebillede viser typisk en scene med officerer og soldater, der er i gang med at hygge sig. I garderobescenerne var der ofte lejesoldater og prostituerede, der delte bytte, chikanerede fanger eller udøvede andre former for forkastelige aktiviteter. Genren blev populær i midten af det 17. århundrede, især i den hollandske republik. I Flandern var der også nogle få udøvere af genren, herunder David Teniers den Yngre, Abraham Teniers, Anton Goubau, Cornelis Mahu, Jan Baptist Tijssens den Yngre og Jan van Helmonts far Mattheus. Van Helmonts komposition forestiller soldater foran en port. Til venstre er der en soldat, der holder et flag op over en kanon, en bunke våben, en rustning og en tromme. Den rustning, der er afbildet på billedet, var allerede forældet på det tidspunkt, hvor det blev malet, da metalrustninger, brystplader og hjelme blev taget ud af brug fra 1620’erne. Det er muligt, at rustningen i tråd med genrens moraliserende hensigt er en henvisning til vanitas-motivet om magtens og berømmelsens forgængelighed.