Honduras er det næststørste land i Mellemamerika. Det grænser op til Guatemala mod nord, El Salvador mod vest og Nicaragua mod syd. Landets grænser er defineret af farvande. Det Caribiske Hav strækker sig over summen af Honduras’ kyst, og Honduras er afgrænset af Rio Montagua og Rio Coco. Disse farvande indeholder også en række små og store øer, der hører til Honduras’ territorium.
Skønne bjerge er det kendetegnende for Honduras’ indre land. De udgør over 80 % af landets landareal. De vestlige bjerge er betagende, og de højeste bjergtoppe når op på næsten 9.000 fod. Honduras’ bjergkæder er delt af en lang depression, der løber fra nord til syd og danner det eneste lavland i landets indre.
Nordkysten af Honduras består af floddale og lave kystsletter. Kysten nær den guatemalanske grænse er blevet kraftigt udviklet; de østlige strande er bestemt mere indbydende for rejsende, der søger lidt afsondrethed på deres krydstogt med lille skib til Honduras. Honduras har dog en meget kort kyst langs Stillehavet, som er noget sumpet og spækket med mangrover.