Stationen åbnede sammen med de andre COASTER-stationer, da togdriften begyndte den 27. februar 1995, og betjener de sydlige samfund i Carlsbad i modsætning til Carlsbad Village station.
Den 7. oktober 2013 begyndte Amtrak Pacific Surfliner at stoppe ved fire COASTER-stationer: Carlsbad Village, Carlsbad Poinsettia, Encinitas og Sorrento Valley. Amtrak droppede servicen til Carlsbad Poinsettia og Encinitas den 9. oktober 2017 på grund af lavt passagertal.
Med stigende passagertal og et behov for udvidelse gennemgik stationen en renovering til 34 millioner dollars, der begyndte i maj 2018. Perronerne blev forlænget til 300 m (1.000 fod) for at kunne rumme længere tog, og de blev også hævet for at sikre tilgængelighed og lettere ombordstigning. Der blev bygget en fodgængerunderføring (som erstattede de to fodgængerovergange i niveau i hver ende af perronerne), og der blev opsat hegn mellem sporene, så to tog kan passere stationen på én gang. Desuden blev sporene og perronerne omlagt lidt vest for deres gamle placering, og der blev opsat nye skilte og overdækninger. Projektet blev til sidst afsluttet i februar 2020.