John Wilkes Booth springer ud af præsidentens loge i Ford’s Theater efter at have skudt Lincoln og stukket major Rathbone ned.
Den 11. april 1865, to dage efter Lees kapitulation i Appomattox, holdt Lincoln en tale, hvori han skitserede sine planer for fred og genopbygning. Blandt tilhørerne var John Wilkes Booth, en succesfuld skuespiller, født og opvokset i Maryland. Booth var en glødende tilhænger af slaveri og hvidt overherredømme. Da han hørte Lincolns ord, sagde han til en kammerat: “Nu, ved Gud, vil jeg slå ham ihjel. Det er den sidste tale, han nogensinde vil holde.”
Efter at have mislykkedes i to forsøg tidligere på året på at kidnappe præsidenten besluttede Booth, at Lincoln måtte dræbes. Hans sammensværgelse var storslået i sin udformning. Booth og hans samarbejdspartnere besluttede at myrde præsidenten, vicepræsident Andrew Johnson og udenrigsminister William Seward alle samme aften. Lincoln besluttede sig for at overvære en britisk komedie, Our American Cousin, i Ford’s Theater med den berømte skuespillerinde Laura Keene i hovedrollen. Ulysses S. Grant havde planlagt at ledsage præsidenten og hans kone, men i løbet af dagen besluttede han sig for at besøge sin søn i New Jersey. Major Henry Rathbone og hans forlovede, Clara Harris, datter af en fremtrædende senator, deltog i forestillingen den aften sammen med familien Lincoln.
Denne broadside annoncerer mordet på præsident Lincoln og udenrigsminister Seward. Seward overlevede faktisk angrebet.
Midt i skuespillet den aften sneg Booth sig ind i indgangen til præsidentens loge med en dolk i venstre hånd og en Derringer-pistol i højre hånd. Han affyrede pistolen 15 cm fra Lincoln og skar Rathbone i armen med sin kniv. Booth sprang derefter over forsiden af præsidentens loge, fangede sit højre ben i et flag og landede på scenen, hvor han brækkede benet. Han viftede med sin dolk og råbte, hvad der efter sigende skulle være Sic semper tyrannis – latin for “sådan skal det altid være med tyranner”. Nogle rapporterede, at han sagde: “Sydstaterne er hævnet”. Derefter løb han humpende ud af teatret, hoppede op på sin hest og red af sted mod Virginia.
Kuglen gik ind i Lincolns hoved lige bag hans venstre øre, flåede gennem hans hjerne og satte sig fast lige bag hans højre øje. Skaden var dødelig. Lincoln blev bragt til et nærliggende pensionat, hvor han døde den næste morgen. De andre mål undgik døden. Lewis Powell, en af Booths medskyldige, gik til Sewards hus, stak udenrigsministeren ned og sårede ham alvorligt, men Seward overlevede. En anden medskyldig, George Atzerodt, kunne ikke få sig selv til at forsøge at myrde vicepræsident Johnson.
To uger senere, den 26. april, fangede Unionens kavaleri Booth i en tobakslade i Virginia. Soldaterne havde ordre til ikke at skyde og besluttede at brænde ham ud af laden. Der blev startet en brand. Før Booth overhovedet kunne reagere, tog sergent Boston Corbett sigte og skød Booth dødeligt. Den døende lejemorder blev slæbt ud på en veranda, hvor hans sidste ord var: “Useless … useless!”
Den konspiratorer i mordet på præsidenten blev stillet for en militærdomstol kendt som Hunter-kommissionen.
Et tog transporterede Lincolns lig på en omvej hjemad for at blive begravet i Springfield, Illinois. En sørgende nation mødte op i hundredtusindvis for at sige farvel til deres præsident, den første, der faldt af en snigmorders kugle.