När båda sidor drog sig tillbaka (och Kroatiens självständighet erkändes) började liknande dynamik utvecklas i Bosnien och Hercegovina. Den republiken följde Kroatiens och Sloveniens exempel och förklarade sig självständig i mars 1992, även om serbiska ledare vid den tidpunkten redan hade förklarat sin egen självständighet från resten av republiken. Den efterföljande konflikten berörde mest intensivt civilbefolkningen i de östra och västra delarna av Bosnien, där serbiska miliser kämpade för att förneka det bonsianska oberoendet – och, om det inte gick, för att utrota den bosniakiska befolkningen i dessa regioner. Det internationella svaret på denna kampanj var att skapa ”säkra områden” där bosniakiska civila skulle skyddas från serbiska miliser. Milisen riktade dock in sig på de säkra områdena i alla fall. Det mest ökända är att en serbisk milis tog över det säkra området i staden Srebenica, vilket ledde till att den mestadels bosniakiska civilbefolkningen sökte skydd på FN:s bas i närheten. Där övertygade dock styrkor ledda av milisens ledare Ratko Mladic FN-styrkorna om att låta dem separera männen från kvinnorna och barnen. De sistnämnda deporterades till det område som kontrolleras av bosniakiska styrkor. De förstnämnda, som uppgick till över 7 000 personer, massakrerades. I senare rättspraxis, både från Internationella brottmålsdomstolen för Jugoslavien och Internationella domstolen, fastställdes att massakern utgjorde ett folkmord.
Sedermera avskilde sig de återstående jugoslaviska republikerna Makedonien och Montenegro, liksom den tidigare autonoma provinsen Kosovo. I båda fallen förekom våld mot civila som definierades längs identitetsbaserade linjer, mest intensivt i Kosovo. År 1999 genomförde en multilateral styrka en tio veckor lång bombkampanj mot de serbiska styrkorna, som västliga ledare fruktade skulle inleda ytterligare en kampanj av etnisk rensning i Kosovo som svar på Kosovos självständighetssträvanden.
The Genocide Studies Program har haft ett flertal seminarier med anknytning till händelserna i Balkanregionen. Jasmina Besirevic-Regan, föreläsare och dekanus vid Trumbull College i Yale, sitter i GSP:s rådgivare.