Behandlingen av könsdysfori fokuserar på att lindra patientens ångest kring sin könsidentitet. Det innebär ofta psykoterapi – och dialektisk beteendeterapi i synnerhet – där en terapeut bekräftar deras känslor och hjälper dem att utveckla effektiva copingfärdigheter, för att undvika saker som självskadebeteende och suicidalitet. Om deras ångest har lett till depression eller ångest kan dessa behandlas med terapi eller medicinering. Terapeuter arbetar också med patienter med könsdysfori, och deras familjer, för att hjälpa dem att bestämma det bästa sättet att forma sitt könsuttryck för att få ett så hälsosamt resultat som möjligt.
Vissa patienter önskar hormonbehandling eller könsbyteskirurgi, andra inte. Transgender- och endokrinologistorganisationer rekommenderar att man väntar till minst 16 år för att påbörja hormonbehandling, men vad som är bäst för individen måste övervägas. Hormonbehandling för att undertrycka puberteten i så lång tid som flera år används ibland för att ge en patient tid att bestämma sig för om han eller hon ska genomgå en operation. Eftersom det stoppar utvecklingen av sekundära könsegenskaper – bröstutveckling eller fördjupning av rösten och tillväxt av ansiktsbehåring – förhindrar det också den extra ångest som det innebär att patientens kropp agerar på ett sätt som inte stämmer överens med det bekräftade könet.