I början växte Rudolf upp i Wien omgiven av en allt större skara syskon. År 1563, vid elva års ålder, skickades han sedan till sin farbror kung Phillip II för att bo vid det spanska hovet. Vid den tiden var Spanien en global makt och det spanska hovet satte tonen när det gällde livsstil och kultur. Det bakomliggande motivet var dock att få bort den unge ärkehertigen från inflytandet från sin far, som var känd för sina extremt toleranta åsikter i religiösa frågor. Rudolf skulle uppfostras i en miljö av katolsk ortodoxi, skyddad från de protestantiska strömningar som hade fått allt större inflytande i Centraleuropa. Den unge ärkehertigen skulle bli det heliga romerska rikets framtida högste härskare, och i Spaniens ögon, dynastiens huvudlinje, var det absolut nödvändigt att han uppfostrades och utbildades i enlighet med den idé om universell habsburgsk makt under katolicismens fana som hade varit dynastiens uppdrag sedan Karl V:s regeringstid.
Efter att ha utbildats i enlighet med dessa riktlinjer återvände Rudolf till Centraleuropa som en självsäker prins av dynasti. Hans spanska uppväxt hade fört honom i kontakt med den traditionella medelhavskatolicismen som var opåverkad av reformationens idéer. Det var dock religionens politiska komponent som stod i förgrunden i hans tänkande, eftersom han först och främst uppfattade katolicismen som ett instrument för att stärka en monarks makt. Som person var han inte särskilt känd för sin överdrivna fromhet. 1572 valdes han av ständerna till sin fars efterträdare på Ungerns tron och 1575 erkändes han som kung av Böhmen. Samma år bekräftades Rudolf av kurfurstarna i Regensburg som sin fars efterträdare i riket. Bara några månader senare, 1576, dog Maximilian II plötsligt. Den tjugofyraårige Rudolf var nu en härskare som såg sin roll som medlare mellan ytterligheterna, både i kejsardömet och i sina patrimoniala domäner.
1583 flyttades det kejserliga hovet från Wien till Prag, som nu skulle byggas ut till ett magnifikt residens. Den unge kejsaren ansågs vara mycket kultiverad, begåvad och lovande men också helt genomsyrad av begreppet kejserlig värdighet, vilket var den tydligaste manifestationen av hans socialisering vid det spanska hovet. Under de första decennierna av sin regeringstid drev Rudolf skickligt en systematisk utvidgning av sina suveräna rättigheter.
Hur som helst visade sig dock snart de mörka sidorna i hans karaktär. Kejsaren var ibland inkonsekvent och saknade övertygelse i sina beslut. Faser av manisk aktivitet följdes av perioder av total apati.