Den spanska erövringen och koloniseringen av El Salvador började 1524 när en expedition från Guatemala anlände under ledning av Pedro de Alvarado. Alvarados trupper mötte beslutsamt motstånd från en Nahua-stam, Pipil, som ockuperade stora delar av regionen väster om Lempa-floden. Överlägsen taktik och beväpning gjorde det dock möjligt för spanjorerna att tränga sig fram till Pipils huvudstad Cuscatlán. Alvarado återvände snart till Guatemala, men en andra expedition, 1525, grundade en spansk stad vid namn San Salvador nära platsen för Cuscatlán. Pipilkrigare tvingade dock de spanska bosättarna att dra sig tillbaka, och samhället skulle omlokaliseras flera gånger innan det etablerades permanent 1528.
Sedan dess skulle staden San Salvador fungera som huvudstad i en provins med samma namn som omfattade större delen av de östra tre fjärdedelarna av territoriet i dagens El Salvador. Området i väster (som omfattar de nuvarande regionerna Sonsonate, Santa Ana och Ahuachapán), som pipilerna kallade Izalcos, organiserades 1558 som den autonoma provinsen Sonsonate och skulle inte införlivas som en del av El Salvador förrän 1823.
De områden som skulle komma att bilda El Salvador blev jordbrukets kärnområde för generalkaptenskapet i Guatemala. Även om de flesta av invånarna var tvungna att vara beroende av självhushållningsjordbruk, fann de mer lyckligt lottade spanjorerna rikedomar i exporten av en rad olika lokala produkter, som alla upplevde perioder av ”boom and bust”. Kakao var den viktigaste källan till rikedom under 1500-talet. Ökad konkurrens från andra kolonier ledde till en markant minskning av intäkterna från kakao år 1590, och det följande århundradet var helt klart en period av stagnation för regionen. Återhämtningen på 1700-talet kom som ett resultat av ökad export av indigo.
Indigohandeln ledde till utvecklingen av en ganska sofistikerad form av kommersiellt jordbruk och skapandet av stora egendomar som drevs av familjer vars medlemmar spelade en ledande roll i provinsiella angelägenheter. För ursprungsbefolkningen innebar dock indigoboomen främst att en ytterligare börda lades på en redan uttömd arbetskraft.