Jan van Helmont var en målare av historiska motiv, genrescener och porträtt. Han målade många porträtt av framstående personligheter under sin tid, bland annat Johannes Jacobus Moretus och hans hustru Theresia Mechtildis Schilders (1717, Plantin-Moretus-museet), de dåvarande ägarna till tryckeriet Plantin Moretus i Antwerpen. Han fick regelbundet uppdrag från Antwerpens stadsmyndigheter att måla porträtt av historiska personer som Alexander Farnese, hertig av Parma, och att restaurera porträtten av de 34 suveränerna i statsrummet i Antwerpens stadshus.
En del av van Helmonts porträttmålningar graverades senare av den nederländske gravören Jacob Houbraken. Ett exempel är porträttet av Adriaan van Borssele van der Hooge, som graverades av Houbraken efter en teckning gjord av Aart Schouman efter en målning av Jan van Helmont. Jan van Helmont gjorde ritningar till gravyrer av gravören Gaspar Bouttats från Antwerpen. Ett exempel är vapenskölden i en oval flankerad av änglar (ca 1674 British Museum), som är en gravyr av Bouttats efter en ritning av van Helmont av en minnesplakett för den ädla damen Isabelle de Berchem.
Jan van Helmont skapade historiemålningar med religiösa ämnen för kyrkor i hela Flandern, bland annat i Ålst, Willebroek och Wambeek.
Samlingen i det militärhistoriska museet i Wien har en ”vaktrumsscen” av Jan van Helmont. En vaktrumsscen skildrar vanligtvis en scen med officerare och soldater som är engagerade i festligheter. I scenerna i vaktrummen fanns ofta legosoldater och prostituerade som delade byte, trakasserade fångar eller ägnade sig åt andra former av klandervärda aktiviteter. Genren blev populär i mitten av 1600-talet, särskilt i den nederländska republiken. I Flandern fanns det också några utövare av genren, däribland David Teniers den yngre, Abraham Teniers, Anton Goubau, Cornelis Mahu, Jan Baptist Tijssens den yngre och Jan van Helmonts far Mattheus. Van Helmonts komposition föreställer soldater framför en port. Till vänster finns en soldat som håller upp en flagga över en kanon, en hög med vapen, en rustning och en trumma. Den rustning som avbildas i bilden var föråldrad redan när den målades, eftersom metallpansar, bröstplåtar och hjälmar upphörde att användas från och med 1620-talet. Det är möjligt att rustningen, i linje med genrens moraliserande syfte, är en hänvisning till vanitasmotivet om maktens och berömmelsens förgänglighet.