Honduras är det näst största landet i Centralamerika. Det gränsar till Guatemala i norr, El Salvador i väster och Nicaragua i söder. Dess gränser definieras av vatten. Karibiska havet sträcker sig över summan av Honduras kust, och Honduras är omgärdat av Rio Montagua och Rio Coco. I dessa vatten finns också ett antal öar som hör till Honduras territorium, både små och stora.
Vackra berg är det utmärkande kännetecknet för Honduras inland. De utgör över 80 procent av landets landyta. De västra bergen är hisnande, de högsta topparna når upp till nästan 9 000 fot. Honduras bergskedjor delas av en lång sänka som löper från norr till söder och bildar det enda låglandet i landets inre.
Honduras norra kust består av floddalar och låga kustslätter. Kusten nära Guatemalas gräns har utvecklats kraftigt; de östra stränderna är definitivt mer välkomnande för resenärer som söker lite avskildhet på sin kryssning med litet fartyg till Honduras. Honduras har dock en mycket kort kust längs Stilla havet, som är något sumpig och översållad med mangrover.