Stationen öppnade tillsammans med de andra COASTER-stationerna när tågtrafiken inleddes den 27 februari 1995 och betjänar de södra samhällena i Carlsbad i motsats till Carlsbad Village station.
Den 7 oktober 2013 började Amtrak Pacific Surfliner stanna vid fyra COASTER-stationer: Carlsbad Village, Carlsbad Poinsettia, Encinitas och Sorrento Valley. Amtrak lade ner trafiken till Carlsbad Poinsettia och Encinitas den 9 oktober 2017 på grund av lågt antal resenärer.
Med ökande antal resenärer och en efterfrågan på expansion genomgick stationen en renovering på trettiofyra miljoner dollar med början i maj 2018. Plattformarna förlängdes till 300 meter (1 000 fot) för att rymma längre tåg och höjdes också för att öka tillgängligheten och underlätta ombordstigning. En undergång för fotgängare byggdes (som ersatte de två fotgängarövergångarna i nivå i vardera änden av plattformarna) och stängsel placerades mellan spåren, vilket gör det möjligt för två tåg att passera stationen samtidigt. Spåren och perrongerna har dessutom flyttats något väster om sina gamla platser, och nya skyltar och skärmtak har installerats. Projektet avslutades slutligen i februari 2020.