Par base, em biologia molecular, duas moléculas de azoto complementares que estão ligadas por ligações de hidrogénio. Os pares de bases são encontrados no DNA de dupla cadeia e no RNA, onde as ligações entre eles ligam as duas cadeias, tornando possíveis as estruturas de dupla cadeia. Os próprios pares de bases são formados a partir de bases, que são compostos orgânicos complementares ricos em nitrogênio, conhecidos como purinas ou pirimidinas. De acordo com o par de bases Watson-Crick, que forma a base para a configuração helicoidal do DNA de dupla corda, o DNA contém quatro bases: as duas purinas adenina (A) e guanina (G) e as duas pirimidinas citosina (C) e timina (T). Dentro da molécula de DNA, A liga-se apenas com T e C liga-se apenas com G. No RNA, a timina é substituída pelo uracilo (U). Modelos de pares de bases não-Watson-Crick apresentam padrões alternativos de ligação de hidrogênio; exemplos são os pares de bases Hoogsteen, que são análogos A-T ou C-G.
Pares de base são freqüentemente usados para medir o tamanho de um gene individual dentro de uma molécula de DNA. O número total de pares de bases é igual ao número de nucleotídeos em um dos filamentos (cada nucleotídeo consiste de um par básico, um açúcar desoxirribose e um grupo fosfato). Com genomas extremamente complexos, o detalhamento dos pares de bases pode ser complicado. O genoma humano, por exemplo, é composto por uma estimativa de três bilhões de pares de bases, com cerca de 20.000 a 25.000 genes distintos. Para lidar com esses grandes números, os cientistas usam medidas como o par kilobase (kb, ou kbp), que é equivalente a 1.000 pares de bases; o par megabase (Mb), que é equivalente a um milhão de pares de bases; e o par gigabase (Gb), que é equivalente a um bilhão de pares de bases.