Base pair, in molecular biology, two complementary nitrogenous molecules that are connected by hydrogen bonds. 塩基対は二本鎖のDNAやRNAに存在し、その間の結合が二本鎖をつなぎ、二本鎖の構造を可能にしている。 塩基対そのものは、プリンまたはピリミジンと呼ばれる窒素を多く含む有機化合物である塩基から形成されている。 二本鎖DNAのらせん構造の基礎となるワトソン・クリック塩基対によれば、DNAには2つのプリンであるアデニン（A）とグアニン（G）、2つのピリミジンであるシトシン（C）とチミン（T）の4つの塩基が存在する。 RNAでは、チミンはウラシル（U）に置き換えられている。 非ワトソン・クリック塩基対モデルでは、別の水素結合パターンを示す。例として、A-TまたはC-Gの類似体であるHoogsteen塩基対がある。 塩基対の総数は、鎖の1つに含まれるヌクレオチドの数に等しい（各ヌクレオチドは、塩基対、デオキシリボース糖、リン酸基からなる）。 極めて複雑なゲノムの場合、塩基対の詳細が複雑になることがある。 例えば、ヒトゲノムは約30億の塩基対からなり、約2万から2万5千の異なる遺伝子を持つと推定されている。 このような大きな数字を扱うために、科学者は、1000塩基対に相当するキロベース・ペア（kb、またはkbp）、100万塩基対に相当するメガベース・ペア（Mb）、10億塩基対に相当するギガベース・ペア（Gb）などの尺度を用いている
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