Dopo che entrambe le parti si sono ritirate (e l’indipendenza della Croazia è stata riconosciuta), dinamiche simili hanno iniziato a svolgersi in Bosnia ed Erzegovina. Quella repubblica seguì l’esempio della Croazia e della Slovenia nel dichiarare l’indipendenza nel marzo 1992, sebbene i leader serbi avessero già dichiarato la propria indipendenza dal resto della repubblica. Il conflitto che ne seguì coinvolse più intensamente le popolazioni civili nelle aree orientali e occidentali della Bosnia, dove le milizie serbe combatterono per negare l’indipendenza bonsiana – e, in mancanza di ciò, per sradicare la popolazione bosniaca di quelle regioni. La risposta internazionale a questa campagna fu la creazione di “aree sicure” in cui i civili bosniaci dovevano essere protetti dalle milizie serbe. Le milizie, tuttavia, presero di mira le aree sicure in ogni caso. La cosa più nota è che una milizia serba ha invaso la Safe Area della città di Srebenica, portando la popolazione civile, per lo più bosniaca, a cercare rifugio nella vicina base delle Nazioni Unite. Lì, tuttavia, le forze guidate dal leader della milizia Ratko Mladic hanno convinto le forze dell’ONU a permettere loro di separare gli uomini dalle donne e dai bambini. Questi ultimi furono deportati nella zona controllata dalle forze bosniache. I primi, più di 7.000, furono massacrati. La giurisprudenza successiva, sia del Tribunale penale internazionale per la Jugoslavia che della Corte internazionale di giustizia, ha stabilito che il massacro costituì un genocidio.
In seguito, le restanti repubbliche jugoslave di Macedonia e Montenegro si sono separate, così come l’ex provincia autonoma del Kosovo. In ogni caso, la violenza contro i civili è stata definita secondo linee basate sull’identità, più intensamente in Kosovo. Nel 1999, una forza multilaterale ha condotto una campagna di bombardamenti di dieci settimane contro le forze serbe, che i leader occidentali temevano fossero pronti a condurre un’altra campagna di pulizia etnica in Kosovo come risposta alle aspirazioni di indipendenza del Kosovo.
Il Programma di Studi sul Genocidio ha organizzato numerosi seminari relativi agli eventi nella regione dei Balcani. Jasmina Besirevic-Regan, docente e preside del Trumbull College di Yale, fa parte del consiglio di amministrazione del GSP.