La stazione ha aperto insieme alle altre stazioni COASTER quando il servizio ferroviario è iniziato il 27 febbraio 1995, servendo le comunità meridionali di Carlsbad in contrasto con la stazione di Carlsbad Village.
Il 7 ottobre 2013, l’Amtrak Pacific Surfliner ha iniziato a fermare in quattro stazioni COASTER: Carlsbad Village, Carlsbad Poinsettia, Encinitas e Sorrento Valley. Amtrak ha abbandonato il servizio a Carlsbad Poinsettia e Encinitas il 9 ottobre 2017 a causa del basso numero di passeggeri.
Con l’aumento dei passeggeri e la richiesta di espansione, la stazione ha subito una ristrutturazione da trentaquattro milioni di dollari a partire dal maggio 2018. Le piattaforme sono state allungate a 1.000 piedi (300 m) per ospitare treni più lunghi, e sono state anche rialzate per l’accessibilità e l’imbarco più facile. È stato costruito un sottopassaggio pedonale (sostituendo i due attraversamenti pedonali di livello alle due estremità delle piattaforme) ed è stata posta una recinzione tra i binari, permettendo a due treni di passare attraverso la stazione in una sola volta. Inoltre, i binari e le piattaforme sono stati riallineati leggermente a ovest delle loro vecchie posizioni, e sono state installate nuove insegne e pensiline. Il progetto è stato infine completato nel febbraio 2020.