All’inizio Rodolfo crebbe a Vienna circondato da un’orda sempre crescente di fratelli e sorelle. Poi nel 1563, all’età di undici anni, fu mandato a vivere con lo zio re Filippo II alla corte spagnola. A quel tempo la Spagna era una potenza mondiale, e la corte spagnola dettava il tono in materia di stile di vita e cultura. Il secondo motivo, tuttavia, era quello di rimuovere il giovane arciduca dall’influenza di suo padre, che era noto per le sue opinioni estremamente tolleranti in materia religiosa. Rodolfo doveva essere educato in un ambiente di ortodossia cattolica, al riparo dalle correnti protestanti che avevano preso sempre più piede in Europa centrale. Il giovane arciduca doveva essere il futuro sovrano supremo del Sacro Romano Impero, e agli occhi della Spagna, la linea principale della dinastia, era imperativo che egli fosse cresciuto ed educato in accordo con il concetto di potere universale degli Asburgo sotto la bandiera del cattolicesimo che era stata la missione della dinastia fin dal regno di Carlo V.
Educato secondo queste linee Rodolfo tornò in Europa centrale come un sicuro principe della dinastia. La sua educazione spagnola lo aveva portato a contatto con il tradizionale cattolicesimo mediterraneo che non era influenzato dalle idee della Riforma. Era comunque la componente politica della religione ad essere in primo piano nel suo pensiero, poiché egli intendeva il cattolicesimo prima di tutto come uno strumento per rafforzare il potere di un monarca. Come individuo non fu particolarmente noto per la sua eccessiva pietà.
Nel 1572 fu eletto dagli Estati come successore di suo padre sul trono d’Ungheria, e nel 1575 riconosciuto come re di Boemia. Lo stesso anno Rodolfo fu confermato dagli elettori a Ratisbona come successore di suo padre nell’Impero. Solo pochi mesi dopo, nel 1576, Massimiliano II morì improvvisamente. A ventiquattro anni, Rodolfo era ormai un sovrano che vedeva il suo ruolo come quello di mediatore tra gli estremi, sia nell’Impero che nei suoi domini patrimoniali.
Nel 1583 la corte imperiale fu trasferita da Vienna a Praga, che ora doveva essere ampliata come una magnifica residenza. Il giovane imperatore era considerato molto colto, talentuoso e promettente, ma anche completamente impregnato del concetto di dignità imperiale, la manifestazione più chiara della sua socializzazione alla corte spagnola. Durante i primi decenni del suo regno Rodolfo perseguì abilmente l’estensione sistematica dei suoi diritti sovrani.
Tuttavia, i lati oscuri del suo carattere si manifestarono presto. L’imperatore era a volte incoerente e mancava di convinzione nelle sue decisioni. Fasi di attività maniacale erano seguite da periodi di totale apatia.