New York City è situata sulla costa del nord-est degli Stati Uniti alla foce del fiume Hudson nello stato sud-orientale di New York. Si trova nell’estuario del porto di New York-New Jersey, il cui centro è il porto di New York, le cui acque profonde e le baie riparate hanno aiutato la città a crescere in importanza come città commerciale. Gran parte di New York è costruita sulle tre isole di Manhattan, Staten Island e Long Island occidentale, rendendo la terra scarsa e incoraggiando un’alta densità di popolazione.
Il fiume Hudson scorre dalla valle dell’Hudson nella baia di New York, diventando un estuario di marea che separa il Bronx e Manhattan dal New Jersey settentrionale. Il fiume Harlem, un altro stretto di marea tra i fiumi East e Hudson, separa Manhattan dal Bronx.
I boroughs di New York City si trovano al confine tra due province geologiche del Nord America orientale. Brooklyn e Queens, situati a Long Island, fanno parte della pianura costiera orientale. Long Island è un’enorme morena che si è formata al margine meridionale della calotta glaciale Laurentide durante l’ultima era glaciale. Il Bronx e Manhattan si trovano sul bordo orientale del bacino di Newark, un blocco di crosta terrestre che sprofondò verso il basso durante la disintegrazione del supercontinente Pangea nel periodo Triassico. Il Sill di Palisades sulla riva del New Jersey del fiume Hudson espone antiche rocce, un tempo fuse, che riempivano il bacino. Le dure rocce metamorfiche sottostanno a gran parte di Manhattan, fornendo un solido supporto per i suoi molti grattacieli.
Il terreno della città è stato alterato considerevolmente dall’intervento umano, con una sostanziale bonifica lungo i lungofiumi fin dal periodo coloniale olandese. La bonifica è più notevole a Lower Manhattan con sviluppi moderni come Battery Park City. Gran parte delle variazioni naturali della topografia sono state livellate, in particolare a Manhattan. Il West Side di Manhattan conserva alcune colline, specialmente nell’Upper Manhattan, mentre l’East Side è stato notevolmente appiattito. La collina di Duffy nell’East Harlem è una notevole eccezione alla pendenza relativamente piatta dell’East Side.
La superficie della città è stimata in 321 miglia quadrate (830 km2). Tuttavia, una stima più recente calcola una superficie totale di 304,8 miglia quadrate (789,4 km2). Il punto naturale più alto della città è Todt Hill a Staten Island, che con i suoi 124,9 m sul livello del mare è la collina più alta della costa orientale a sud del Maine. La cima del crinale è in gran parte coperta da boschi come parte della Staten Island Greenbelt.